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La rivière Boulogne coule sur un substrat géologique particulier : elle traverse essentiellement les grès du Trias, mais également des gneiss. Elle présente une grande diversité des conditions d'écoulement (gours profonds et calmes, zones plus vives...) d'où une faune aquatique variée, notamment en ce qui concerne poissons et libellules. On observe également des milieux particuliers (suintements...) en bords de rivières, propices à certaines plantes rares. Les informations actuellement disponibles restent malheureusement très fragmentaires pour la quasi-totalité des espèces animales, compte-tenu de prospections encore insuffisantes.. Le Petit Rhinolophe, chauve-souris remarquable en déclin dans toute l'Europe, est présent en deux endroits. Au lieu-dit Marconnave, une colonie de parturition (mise-bas) de trente individus a été notamment observée.
