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Ce secteur du Bas-Bugey s'inscrit dans un environnement de bois de pentes, cultures et prairies ouvertes. Le Rhône, particulièrement endigué ici, s'écoule à l'est…Le marais des Varignieux, de petite taille, appartient aux tourbières dites alcalines. Elles se développent sur des sols riches en calcaire. La tourbe qui s'y accumule est formée de nombreuses laîches mais aussi de mousses particulières : les hypnacées. Les tourbières alcalines sont fortement présentes dans les vallées alluviales et les Préalpes calcaires où l'influence des glaciers jurassiens et alpiens a été importante. Elles représentent 55% de la surface des tourbières de la région. Les milieux de tourbières alcalines sont en général très variés. Le marais des Varignieux est dominé par une prairie à Molinie bleue en cours d'enfrichement par endroit. Il est également bordé par une aulnaie marécageuse. Des secteurs sont recouverts par des "bas-marais" (marais tout ou partie alimentés par la nappe phréatique) à Choin ou des roselières. Les boisements et la prairie à Molinie forment un ensemble plutôt intéressant sur le plan paysager.
