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Le massif du Bas-Bugey est une région d’une très grande richesse biologique. A l'écart des principales voies de communication, il reste bien préservé. Mais c'est sa physionomie qui présente le plus d'intérêt. De la plaine du Rhône au sommet du massif (Molard Dedon, 1219 m), le dénivelé est de près de 1000 m. Les conditions climatiques rencontrées sur l'ensemble du massif sont particulièrement variées et permettent une grande diversité botanique. Les milieux rencontrés sont aussi divers que tourbières, lacs, forêts montagnardes, pelouses sèches, pâturages, falaises... Cette combe, située dans un contexte forestier, est occupée par un lac et des milieux humides annexes. Le marais Chalette appartient aux tourbières dites alcalines. Elles se développent sur des sols riches en calcaire. La tourbe qui s'y accumule est formée de nombreuses laîches mais aussi de mousses particulières : les hypnacées. Les tourbières alcalines sont fortement présentes dans les vallées alluviales et les Préalpes calcaires où l'influence des glaciers jurassiens et alpiens a été importante. Elles représentent 55% de la surface des tourbières de la région. Les milieux de tourbières alcalines sont en général très variés. Le marais Chalette est caractérisé par une mosaïque de milieux. Se juxtaposent bas-marais alcalins, boisements d'aulnes ou encore cladiaie (formation végétale dominée par le marisque). La diversité floristique du marais est relativement importante. Plusieurs espèces remarquables s'y développent. Citons par exemple la Germandrée d'eau ou encore la Laîche faux-souchet, qui sont protégées de même que la Grande douve, renoncule à fleurs jaunes reconnaissable à ses feuilles étroites pouvant atteindre vingt cinq centimètres et à sa hauteur imposante.
