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Le massif du Bas-Bugey est une région d’une très grande richesse biologique. A l'écart des principales voies de communication, il reste bien préservé. Mais c'est sa physionomie qui présente le plus d'intérêt. De la plaine du Rhône au sommet du massif (Molard Dedon, 1219 m), le dénivelé est de près de 1000 m. Les conditions climatiques rencontrées sur l'ensemble du massif sont particulièrement variées et permettent une grande diversité botanique. Les milieux rencontrés sont aussi divers que tourbières, lacs, forêts montagnardes, pelouses sèches, pâturages, falaises... Le marais du ruisseau du Moulin appartient aux tourbières dites alcalines. Elles se développent sur des sols riches en calcaire. La tourbe qui s'y accumule est formée de nombreuses laîches mais aussi de mousses particulières : les hypnacées. Les tourbières alcalines sont fortement présentes dans les vallées alluviales et les Préalpes calcaires où l'influence des glaciers jurassiens et alpiens a été importante. Elles représentent 55% de la surface des tourbières de la région. Ce marais est caractérisé par la juxtaposition de différents milieux humides : typhaie et scirpaie aux abords immédiats du plan d'eau, cladiaies, phragmitaies, et cariçaies aux alentours (il s'agit de formations végétales respectivement dominée les massettes, les scirpes, le Marisque, le Phragmite et les laîches). De nombreux bosquets d'aulnes et de saules s'y développent également. Quelques espèces remarquables sont présentes. Citons par exemple la Fougère des marais, protégée en région Rhône-Alpes.
