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Le massif du Bas-Bugey est une région d’une très grande richesse biologique. A l'écart des principales voies de communication, il reste bien préservé. Mais c'est sa physionomie qui présente le plus d'intérêt. De la plaine du Rhône au sommet du massif (Molard Dedon, 1219 m), le dénivelé est de près de 1000 m. Les conditions climatiques rencontrées sur l'ensemble du massif sont particulièrement variées et permettent une grande diversité botanique. Les milieux rencontrés sont aussi divers que tourbières, lacs, forêts montagnardes, pelouses sèches, pâturages, falaises... Le marais de Crapéou appartient aux tourbières dites alcalines. Elles se développent sur des sols riches en calcaire. La tourbe qui s'y accumule est formée de nombreuses laîches mais aussi de mousses particulières : les hypnacées. Les tourbières alcalines sont fortement présentes dans les vallées alluviales et les Préalpes calcaires où l'influence des glaciers jurassiens et alpiens a été importante. Elles représentent 55% de la surface des tourbières de la région. Le marais de Crapéou est composé de milieux humides variés : phragmitaie, "bas-marais" (marais tout ou partie alimentés par la nappe phréatique) à Choin, aulnaie…Plusieurs espèces remarquables s'y développent. Citons par exemple la Fougère des marais, présente sous l'aulnaie, la Scorsonère humble et le Peucédan des marais dans les milieux ouverts. La faune est assez riche. C'est le cas notamment en ce qui concerne les papillons, tels que le Cuivré des marais. Il est lié à la présence d'oseilles sauvages sur lesquelles il pond ces œufs. La chenille se nourrira de leur limbe quelques jours plus tard.
