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La Grotte des Hoteaux est un gîte idéal pour les chauves-souris, car abrité du vent et des fréquentations humaines. Ni chauves (car très poilues), ni souris (car possédant une dentition complète d’insectivore), les chauves-souris constituent l’un des groupes de vertébrés les plus remarquables. En effet, elles sont les seuls mammifères à avoir acquis la maîtrise du vol actif. Elles ont aussi la particularité de "voir avec les oreilles" : même si leurs yeux sont fonctionnels, ces animaux nocturnes utilisent un sonar. Les ultrasons sont produits par la bouche ou le nez de l’animal. Ensuite, grâce à ses oreilles, ce dernier capte l’écho du son qui a été réfléchi par les obstacles ou les proies.
On trouve sept espèces de chauves-souris dans la Grotte des Hoteaux. La Barbastelle est une chauve-souris de taille moyenne (4,5 à 6 cm pour le corps plus la tête), au pelage assez noir. Ses oreilles sont caractéristiques, assez grandes, de forme presque géométrique (carrée). Elles sont jointes à leur base, vers les yeux, à la naissance du museau qui est très court et épaté comme celui d’un bouledogue. Cette espèce résiste assez bien au froid. Si elle est bien répartie en France et en Europe, elle reste en général peu abondante localement.
Le Grand Murin, l’une des plus grandes chauves-souris française, est en régression locale en France. En région Rhône-Alpes, il est présent dans tous les départements mais rarement en grand nombre. Le Petit Murin recherche les terrains de chasse constitués de milieux ouverts à végétation herbacée haute ou buissonnante. Il se nourrit essentiellement de sauterelles, de criquets et de larves de papillons qu’il capture au sommet des hautes tiges. Le Murin de Daubenton utilise les cavités comme gîte hivernal ou de repos nocturne. Il se rencontre typiquement sous les ponts au-dessus des cours d’eau, dans les joints de la voûte ou dans les drains. Il chasse les insectes en rasant les eaux calmes des rivières et des étangs, mais on peut rencontrer le Murin de Daubenton jusque dans les forêts et en montagne. Le Murin à oreilles échancrées occupe volontiers les combles tranquilles des bâtis anciens pour établir une colonie de reproduction en été. Le reste de l’année, il est essentiellement cavernicole. Il n’est pas rare que les femelles utilisent le même gîte de reproduction que le Grand Rhinolophe, formant des colonies mixtes. Le Grand Rhinolophe, lui, est comme son nom l'indique le plus grand du genre en Europe. En hibernation, il s’enveloppe en général totalement dans ses ailes pour conserver sa chaleur. En été, il se rencontre aussi dans les caves des habitations et les greniers et combles d’églises. Son régime alimentaire se compose essentiellement de gros insectes : hannetons, criquets, papillons de nuit, qu’il dévore à des emplacements réguliers. Quant au Petit Rhinolophe… c’est en fait le plus petit rhinolophe européen. Au repos et en hibernation, il s’enveloppe complètement dans ses ailes pour conserver une certaine chaleur. Dans cette posture, sa petite taille lui confère alors l’aspect d’une grosse chrysalide de papillon. Espèce cavernicole au cours de l’hiver, il trouve dans les galeries de mines un fort degré d’hygrométrie et des températures pas trop froides (entre 6° et 9°C) nécessaires à son confort. On peut aussi le rencontrer dans les combles des églises et les greniers à l’époque de sa reproduction.
L’église de Rossillon abrite dans ses combles une colonie de reproduction de Murin à oreilles échancrées. Chaque année, les femelles arrivent en mai et les dernières repartent en octobre. Entre temps, elles auront mis au monde et élevé un seul jeune chacune. En période estivale, elles partagent les combles avec quelques Grands rhinolophes et Rhinolophes euryales. Dans l’Ain, le Rhinolophe euryale n’est plus présent que dans le Bas-Bugey et il devient très rare d’en observer.
Les chauves-souris sont quasiment toutes menacées sur le territoire français à cause des dérangements, de la disparition de leur gîtes et de l’utilisation massive de pesticides. Pourtant, la sauvegarde de ces animaux apparus il y a environ cinquante millions d’années devrait être une priorité.
