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Le Margériaz est constitué d’une vaste dalle calcaire inclinée vers l’est et s’étageant entre 750 et 1850 m d’altitude. Son sommet est occupé par une station de ski alpin dépourvue d'hébergement touristique du fait du manque d’eau ; en effet, un réseau karstique très important existe en profondeur, captant toutes les eaux de surface, et a toujours limité les implantations d’infrastructure sur ce site. Une autre conséquence de cette géologie particulière est l’installation à l’étage subalpin de pessières à doradille (pessière de stations froides sur lapiaz), et hêtraies sèches sous des expositions qui ne sont pas à priori très favorables. Ses mêmes hêtraies abritent ça et là des Sabots de vénus disséminés dans tout le versant mais ne formant pas de populations importantes. A l’étage collinéen on observe en outre la présence du Cyclamen d'Europe qui parsème à cet étage toute la vallée du Chéran. A l’ouest, la dalle se casse pour former de hautes falaises colonisées par le Pin à crochet et quelques rapaces rupestres. Plus bas les pentes abruptes sont tailladées de ravins occupés par des érablaie à Scolopendre, à Lunaire vivace ou à Orme des montagnes. Le Tétras lyre est encore présent dans cette zone en dépit de la perturbation induite par la pratique des sports d'hiver.
