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La "'vitrine" de ce site est évidemment la façade littorale lacustre du lac du Bourget, avec les milieux les plus vastes et les plus originaux : herbiers à plantes aquatiques immergées comme la Naïade marine ou le Cornifle immergé, roselières lacustres, groupements de nénuphars comprenant le Nénuphar jaune ou le Nénuphar blanc. Le littoral accueille aussi une abondante avifaune : des colonies d’oiseaux hivernants comme le Fuligule milouin, la Nette rousse, le Grèbe huppé ou le Butor étoilé, et des colonies de nicheurs comme le Blongios nain, le Busard des roseaux ou le Héron pourpré. Pour autant, la richesse biologique de l'ensemble est largement conditionnée par des milieux terrestres annexes. Ainsi, les boisements humides de Technolac et des Blaches abritent le Faucon hobereau, la Grenouille agile et le Sonneur à ventre jaune. Les roselières et friches humides de Ste Agnès et le site de "La Prairie" sont propices au développement de la Gorgebleue à miroir et du Bruant des roseaux. L'ensemble des ces habitats naturels, dans leur diversité et leur complémentarité, fait de cet espace un site naturel dont la cohésion sera renforcée par divers projets de "renaturation" aquatique en cours.
