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Les zones humides du col de Plainpalais appartiennent aux tourbières dites alcalines. Elles se développent sur des sols riches en calcaire. La tourbe qui s'y accumule est formée de nombreuses laîches mais aussi de mousses particulières : les hypnacées. Les milieux de tourbières alcalines sont très variés. Ce sont le plus souvent des prairies à forte diversité floristique. Parmi les plantes emblématiques du site, on remarque la présence de l’Ophioglosse (ou Langue-de-serpent), une petite fougère présente le plus souvent dans les zones humides, mais que l’on peut également observer dans des milieux plus secs. Son nom lui vient de la forme du limbe de son unique feuille. La géomorphologie très particulière du site (série de petits mamelons) offre un paysage vraiment original, dominé par les hautes falaises du Margériaz.
