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Les deux lacs tourbeux et les marais de Saint-Jean-de-Chevelu constituent l'un des fleurons paysagers et naturalistes de l'avant-pays savoyard. Des différents types de milieux naturels présents, on retiendra les lacs bordés sur la plus grande partie de leur périmètre par des roselières où niche une espèce d'oiseau en forte régression : la Rousserolle turdoïde. Les prairies humides abritent quelques joyaux de la flore des marais : Orchis des marais, Séneçon des marais, Fougère des marais, Rossolis à feuilles rondes et une rarissime orchidée : le Liparis de Loesel. Les ruisseaux qui alimentent les lacs constituent l'un des derniers refuges de l'Ecrevisse à pattes blanches dans le département de Savoie.
