Le Margériaz est constitué d’une vaste dalle calcaire montant en pente "douce" d’est en ouest et qui se termine, cassée, par de hautes falaises. Celle-ci domine à l’ouest et au sud des pentes abruptes essentiellement forestières. Ces conditions d’exposition, de pente et de sol (généralement filtrant et riche en blocs) ont favorisé l’implantation de forêts thermophiles (recherchant la chaleur) de Hêtre dont l’un des principaux critères de reconnaissance est une diversité exceptionnelle en orchidées forestières : plathantères, céphalantères, orchis, neotties, et l’emblématique Sabot de vénus. Ces forêts peu exploitées et présentant un accès difficile forment des abris appréciés de la faune. Les falaises, elles-aussi bien exposées, sont le domaine des rapaces rupestres, notamment du Faucon pèlerin. Elles abritent aussi des populations remarquables de Primevère oreille d'ours, plante bien représentée dans le massif, mais qui devient tout à fait exceptionnelle en dehors des Préalpes calcaires.