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Les Bauges offrent le visage d’un massif-forteresse, ceint d'un rempart de falaises dominant les vallées de 1000 à 1500 m d'un seul jet.
La gorge du Chéran donne accès au cœur du massif depuis l'Albanais, alors que la vaste encolure de Leschaux débouche vers le lac d'Annecy.
Sommets et plateaux périphériques encadrent le vaste bassin intérieur du Chéran.
La structure du relief est typiquement subalpine : faisceau de plis, synclinaux perchés armés par les calcaires massifs, bassins affouillés dans les roches plus tendres.
Le massif des Bauges est circonscrit par des vallées densément urbanisées (agglomérations de Chambéry, Aix-les-Bains, Annecy, Albertville) parcourues par les grandes infrastructures routières.
Présentant une personnalité marquée, très verdoyant, il conserve une forte empreinte montagnarde. Son paysage a été modelé par une intense activité paysanne, héritée des défrichements pionniers œuvre des ordres religieux.
Le vaste ensemble naturel décrit ici inclut :
- l’ample bassin du Chéran, qui évide le centre du massif ; entouré de forêts résineuses, il constituait le cœur de l’économie paysanne baujue,
- le pays de Faverges, très montagneux, où de sévères vallons entaillent les plus hauts chaînons de l'Arcalod (point culminant du massif à 2 217 m) et de la Sambuy.
La retombée orientale des Bauges, face aux Grandes Alpes, dresse une succession spectaculaire de synclinaux perchés (plis en forme de berceau) dont celui de l'Arclusaz et surtout celui du Trélod, figure célèbre de la géomorphologie.
Ce secteur peu perturbé par les activités humaines est le plus remarquable des Bauges sur le plan biologique.
Il illustre des types d’habitats naturels de grand intérêt (dalles rocheuses), ainsi qu’une flore très riche, avec des groupements végétaux remarquables, et plusieurs stations botaniques exceptionnelles.
On peut ainsi citer un cortège important d’espèces inféodées aux étages subalpins ou même alpin (Andosace de Suisse, Ancolie des Alpes, Chardon bleu, Génépi des glaciers, Orchis nain, Saule glauque, Cobrésie simple, Laîche bicolore…), à la forêt (Racine de corail, Sabot de Vénus, Linnée boréale, pyroles…), aux secteurs rocheux ou secs (Gentiane croisette, Laitue vireuse, orchidées, Potentille du Dauphiné, Stipe plumeuse, Tulipe méridionale…).
L’entomofaune est très bien représentée (papillons Apollon, Bleu nacré d’Espagne, Damier de la Succise, Thécla de l’Orme…).
L’avifaune comprend la quasi-totalité des espèces typiques des milieux montagnards, depuis les espèces forestières (Bécasse des bois, Cassenoix moucheté…) jusqu'à celles des sommets rocheux élevés (Chocard à bec jaune, Lagopède alpin, Merle de roche, Tétras lyre…).
L’ensemble est à ce titre inventorié au titre des Zones Importantes pour la Conservation des Oiseaux (ZICO).
Le secteur abrite enfin un karst caractéristique des Préalpes du nord. Ce type de karst est caractérisé par l’épaisseur considérable des stratifications calcaires, l’ampleur des phénomènes de dissolution, l’incidence des glaciations quaternaires (calottes glaciaires sommitales, épaisses langues glaciaires)…
Le zonage de type II souligne les multiples interactions existant au sein de cet ensemble, dont les espaces les plus représentatifs en terme d’habitats ou d’espèces remarquables sont retranscrits à travers plusieurs zones de type I (hauts sommets, tourbières, vallons, forêts, pelouses sèches…). Il englobe les éboulis instables correspondant à des milieux faiblement perturbés
Le zonage de type II souligne particulièrement les fonctionnalités naturelles liées à la préservation des populations animales ou végétales :
- en tant que zone d’alimentation ou de reproduction pour de multiples espèces, dont celles précédemment citées ;
- à travers les connections existant avec les autres ensembles naturels voisins du massif des Bauges ou des Aravis ;
- il met enfin en exergue la sensibilité particulière de la faune souterraine, tributaire des réseaux karstiques et très dépendante de la qualité des eaux provenant du bassin versant. La sur-fréquentation des grottes, le vandalisme des concrétions peuvent de plus rendre le milieu inapte à la vie des espèces souterraines. Les aquifères souterrains sont sensibles aux pollutions accidentelles ou découlant de l'industrialisation, de l'urbanisation et de l'agriculture intensive.
L’ensemble présente par ailleurs un grand intérêt paysager (il est cité pour partie comme exceptionnel dans l’inventaire régional des paysages) géomorphologique (avec notamment le célèbre synclinal perché du Trélod cité à l’inventaire des sites géologiques remarquables de la région Rhône-Alpes), voire scientifique (la Réserve Nationale de Chasse et de Faune Sauvage des Bauges constitue un terrain d’études de premier ordre pour la grande faune).
