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Cette petite vallée restée à l'écart des grands axes de circulation conserve quelques grandes surfaces de prairies sèches thermophiles (recherchant la chaleur), dans un contexte forestier et minéral varié. L'excellente exposition y compense une altitude assez élevée. La pression agricole semble de nos jours insuffisante pour maintenir les habitats prairiaux les plus caractéristiques, mais l'ensemble reste malgré tout encore dans un bon état de conservation. Les falaises et éboulis brûlés par le soleil contrastent avec le fond du vallon où le torrent et ses multiples affluents tempèrent l'atmosphère. Outre son intérêt floristique, le Vallon de Saint-Ruph est réputé localement pour sa faune entomologique, et des prospections très récentes sont venu pleinement confirmer son intérêt, en ce qui concerne en particulier les papillons diurnes. Deux espèces protégées peuvent être citées à ce titre: l'Azuré du serpolet, et surtout la très belle Bacchante, papillon particulièrement menacé sur l'ensemble du territoire national, même si sa situation en Haute-Savoie semble encore relativement bonne.
