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Seul plan d'eau naturel du massif des Bauges, le lac de la Thuile doit sa valeur écologique aux ceintures végétales d'hélophytes (plantes des berges tantôt inondées, tantôt exondées mais toujours gorgées d'eau) et aux cariçaies (formation végétale dominée par les laîches) périphériques. Le bassin versant du lac est encore dominé par des milieux naturels (prairies et formations boisées). L'urbanisation reste volontairement contenue pour conserver la qualité paysagère du site. La zone d'eau libre accueillent Nénuphars blanc et jaune ; sur les rives, s'installe le Trèfle d'eau en compagnie de potamots et de bien d'autres plantes encore. Dans les roselières poussent laîches et joncs…Parmi les espèces emblématiques, citons une originale petite fougère, l'Ophioglosse (ou "Langue de serpent"). Son unique feuille est composée d’un limbe ovale et d’un épi de sporanges lui donnant l'aspect d'une langue de serpent. Le site présente également un intérêt majeur pour les libellules. La forte fréquentation touristique dont il fait l'objet réduit par contre son potentiel d'accueil vis-à-vis des vertébrés.
