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Au sud du lac d'Annecy, la plaine autrefois recouverte par celui-ci a été le siège de l'accumulation d'épaisses couches d'alluvions déposées par deux rivières à caractère torrentiel, l'Ire et l'Eau morte, transformant ce secteur en une vaste zone marécageuse. A l'extrémité du lac subsistent encore de vastes zones marécageuses, dont une grande partie bénéficie d'un classement en réserve naturelle afin d'en assurer la sauvegarde. En fonction de la proximité de l'eau dans le sol, plusieurs unités écologiques avec une végétation bien particulière peuvent être distinguées : roselières aquatiques et terrestre, fourrés de Saules cendrés et aulnes, boisements de Chêne pédonculé, prairies agricoles plus ou moins humides, forêt galerie le long des cours d'eau…. Cette diversité de milieux abrite une faune et une flore diversifiées souvent remarquables. On remarque entre autres la présence d'une avifaune riche composée d'espèces d'oiseaux inféodés à la roselière (Bruant des roseaux, rousserolles, Busard des roseaux, et même la présence occasionnelle du Butor étoilé), et des hivernants qui trouvent ici des conditions favorables (Fuligule morillon, Fuligules milouin, Nette rousse…). Toutes les espèces de reptiles connues dans le département sont signalées dans la réserve, et six batraciens sont également recensés, dont une importante population de crapaud commun qui fait l'objet d'un suivi au moment de la migration printanière depuis plusieurs années. Le Castor d'Europe réintroduit en 1972 semblent bien installé. Malgré l'abandon de la fauche de certains secteurs ayant entraîné la banalisation du couvert végétal, la flore comprend encore de nombreuses espèces remarquables dont certains apparus suite à la mise en place d'une gestion appropriée des milieux naturels. On peut ainsi citer parmi les espèces protégées la Gentiane pneumonanthe, l'Ophioglosse (ou "Langue de serpent"), le Séneçon aquatique, l'Orchis odorant, l'Inule de Suisse, le Rossolis à feuilles longues, l'Orchis de Traunsteiner, le Séneçon des marais et le Liparis de Loesel, petite orchidée devenue rarissime dont la protection est considérée comme un enjeu européen en matière de conservation des espèces, et pour laquelle cette station est la plus belle du département.
