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Le vallon du Borgne est situé à une altitude comprise entre 2000 et 3042 m. La nature du substrat géologique est à dominance acide. Landes à éricacées, vastes éboulis plus ou moins grossiers et rochers en sont les principaux types d'habitats. Les éléments les plus remarquables du patrimoine naturel déjà identifiés concernent surtout la flore. Sont en effet connues dans ce vallon d'importantes populations d'Androsace alpine, un petite plante en coussinet qui se couvre de fleurs roses dès les premiers jours du mois de juillet. Son domaine de prédilection est l'éboulis acide. C'est également dans ce biotope que l'on rencontre le Doronic de Clusius. Dans les secteurs où le sol est davantage stabilisé, une lande à éricacées s'est installée. C'est là qu'il faut rechercher le discret Lycopode des Alpes, une plante d'origine très ancienne, proche sur le plan évolutif des fougères. Le Saule Glauque est beaucoup plus facile à repérer dans le paysage. La présence de zones humides complètent la valeur naturaliste avec en particulier la présence de belles populations d'une gentianacée peu fréquente : la Swertie vivace, et une station du rarissime Trichophore alpin dans les marais proches du Petit Borgne.
