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Cette tourbière alcaline est alimentée par un ruisseau adjacent, dont elle contribue à régulariser le débit. Il s'agit d'une tourbière alcaline ; celles-ci se développent sur des sols riches en calcaire. Elles sont également appelées "tourbières plates" ou "tourbières basses". La tourbe qui s'y accumule est formée de nombreuses laîches mais aussi de mousses particulières : les hypnacées. Essentiellement développées dans les vallées alluviales et les Préalpes calcaires où l'influence des glaciers jurassiens et alpiens a été importante, elles représentent 55% de la surface des tourbières de la région. Ce sont essentiellement des tourbières de plaine. Les milieux naturels associés aux tourbières alcalines sont très variés. Il s'agit le plus souvent de prairies à forte diversité floristique. La végétation du marais de Bavonne est composée de secteurs en cours d'enfrichement, de roselières ouvertes et de prairies humides. Ces prairies à forte diversité floristique accueillent notamment le Liparis de Loesel. Cette petite orchidée est menacée à court terme par la fermeture de son milieu. L'abandon des pratiques agricoles ancestrales (fauche, pâturage) en est la principale cause. De même, la faune des tourbières alcalines est assez riche. Elle comporte notamment plusieurs espèces de papillons en forte régression. Le Cuivré des marais, par exemple, trouve sur le marais de Bavonne un milieu encore favorable.
