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Signe non équivoque de la richesse de son patrimoine naturel, la Chartreuse est riche de quatre-vingt dix espèces botaniques protégées et la plupart des ongulés de France (à l’exception du Bouquetin des Alpes) hantent son territoire. La forêt des Fourneaux, située au cœur du massif, est une hêtraie montagnarde typique de cet étage altitudinal et des conditions climatiques locales. Sous l’ombrage des arbres se développent de nombreuses espèces remarquables trouvant ici la fraîcheur et l’humidité indispensables à leur développement. Ainsi, le Polystic à aiguillons est une fougère ayant une distribution plutôt montagnarde ; il recherche la fraîcheur et l’humidité dans les ravins encaissés, les bords de ruisseaux. L’Ail des Ours est l’une des premières plantes à sortir de terre au printemps. On remarque alors facilement ses longues feuilles ovales-lancéolées qui apparaissent avant les fleurs et émettent une forte odeur d'ail quand on les froisse. Le Céphalanthère rouge, quant à lui, est une orchidée forestière aux fleurs d’un rose soutenu et que l’on rencontre sous les forêts assez claires. On remarque enfin une station du rare Orchis punaise à l’odeur nauséabonde, qui affectionne les prairies humides.
