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Le massif du Pilat est situé sur la bordure est du Massif Central, en vue des montagnes du Mâconnais, du Beaujolais et du Lyonnais au nord, et des massifs plus élevés du Vivarais et des Cévennes au sud. Il est délimité à l’est par la vallée du Rhône et au nord par celle du Gier. Les contours en sont moins nets au sud et à l’ouest, sur les plateaux marquant la fin du Haut Vivarais en limite avec les départements de Haute-Loire et d’Ardèche. Saint-Genest-Malifaux est situé sur un plateau avec trois autres communes du Haut Pilat : Marlhes, Jonzieux et Saint-Régis-du-Coin au sud ouest du Parc Naturel Régional du Pilat et au sud du département de la Loire. Assez vallonné, ce plateau situé au-dessus de 900 m d’altitude voit des sommets culminer jusqu’à 1300 m. Il présente une mosaïque de milieux caractéristiques de moyenne montagne : sapinières, tourbières, landes et prairies sèches ou humides d’altitude. De nombreuses rivières prennent leur source sur ce plateau. Les prairies décrites ici sont représentatives des milieux prairiaux peu transformés que l’on peut rencontrer sur le plateau. Ces milieux ouverts sont encore relativement préservés, du fait d’une agriculture peu intensifiée. Dans ce paysage bocager, les prairies humides plus ou moins tourbeuses sont fauchées ou pâturées. Les haies où les lisières forestières délimitent les parcelles. C’est un peu en amont que la Semène prend sa source, pour ensuite couler vers l’ouest et se jeter dans la Loire en amont du lac de barrage de Grangent. Les points d'intérêts naturalistes locaux sont multiples : on peut y observer des milieux naturels intéressants qui sont les lieux de vie d’une flore et d’une faune rare. La présence du Vanneau huppé, oiseau de la famille des limicoles est remarquable. Il niche au sol dans les prairies et se trouve ici à une altitude très inhabituelle. Celle de la Pie-grièche grise reflète la qualité des prairies naturelles, où cette espèce trouve pour se nourrir les petits mammifères et les insectes de grande taille.
