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Les Gorges du Désert possèdent une grande diversité d’habitats naturels dont certains sont de qualité (rivière à Truite fario, ripisylve, prairies humides et landes). Il en découle une bonne diversité biologique, surtout pour l’avifaune mais également une diversité des unités paysagères qui procure à la vallée tout son attrait. La rivière présente un faciès tout à fait remarquable avec son fond dallé, ses mouilles et ses cascades. La présence de la Truite fario, de l’Ecrevisse à pattes blanches et du Cincle plongeur traduisent la bonne qualité de l’eau et l’intérêt naturaliste de ce milieu. Le Sonneur à ventre jaune reste cependant l'animal le plus remarquable de la vallée. Cet amphibien de cinq centimètres possède une coloration gris-brun sur le dos, et jaune marbrée de noir sur le ventre. Il est menacé dans toute l’ Europe à cause entre autres des comblements de mares, de fossés et du débardage forestier en période de reproduction.
