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Les Prés du Baugé se situent sur le littoral de Sète entre les villes de Mèze au nord, et Marseillan au sud. Ils sont localisés plus précisément dans un vallon, au sein des coteaux dominants à l'ouest l'étang de Thau.
Ce vallon forme une dépression humide orientée nord-ouest-sud-est ouverte sur l'étang. Seule sa partie aval, sur une soixantaine d'hectares, est concernée par la ZNIEFF.
Cette zone se caractérise par des prairies humides que quadrille un réseau de canaux et de haies. Cette occupation du sol tranche singulièrement avec le paysage agricole à dominante viticole marquant cette partie de la plaine languedocienne. Un domaine agricole, le Mas de Saint Jean des Sources, se situe sur la façade sud-ouest des prés. La ZNIEFF des Prés du Baugé constitue une zone de transition entre des milieux humides sous influence d'eau douce et liés à la présence d'un ruisseau permanent, et les marges salées de l'étang de Thau.
Les principaux usages sur la zone sont l'activité pastorale extensive (chevaux) et récréative (promenade, projet de piste cyclable en cours).
La ZNIEFF englobe l'ensemble des parcelles humides au lieu-dit « Prés du Baugé «, depuis le sud de la Tour de Valernau au nord-ouest jusqu'à la Bellonette au sud-est.
La délimitation du site s'appuie sur :
- le rivage de l'étang de Thau au sud-est ;
- le passage aux parcelles cultivées le long des faces nord-est et sud-ouest des prés ;
- une haie marquant par ailleurs la limite communale avec Pomerols au nord-ouest.
