La ZNIEFF « Corniches de Notre-Dame de Pène et d'Estagel » est située dans le massif des Fenouillèdes, dans le département des Pyrénées-Orientales. Elle englobe une chaîne de collines arides bordant au sud la vallée de l'Agly entre les villages d'Estagel et Baixas. Le territoire défini occupe une superficie de 1115 hectares pour une altitude comprise entre 60 et 350 mètres.
Le périmètre de la ZNIEFF est matérialisé :
- au nord, par des limites de parcelles viticoles en bas de pente, le contact entre les zones rocheuse et des garrigues denses et fermées, et la route D117 ;
- à l'ouest, par des limites de parcelles habitées aux abords d'Estagel ;
- au sud, par des thalwegs, des pistes et de limites de parcelles en bas de pente ;
- à l'est, par des chemins et pistes de manière à exclure les carrières.