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L'Ile de l'Aute se situe sur la façade maritime des Corbières, dans le complexe lagunaire des étangs du Narbonnais. Elle est au coeur de la lagune de l'étang de Bages et de Sigean. Retenue en ZNIEFF, elle couvre une surface de près de 47 hectares et son point culminant est situé à 57 mètres.
Ce territoire est formé par un pointement marno-calcaire du Tertiaire. Il est recouvert sur ses marges, plus particulièrement à l'est, par des dépôts récents de limons et de sables. Il est ainsi relié par son côté oriental au rivage de la lagune par l'intermédiaire d'un cordon sableux irrégulier, le cordon de la Sèche, qui lui donne un caractère de presqu'île. Cet espace au caractère naturel est assez bien conservé et peu soumis aux activités humaines du fait de sa situation isolée et de l'absence d'accès direct par un chemin.
La végétation composant la ZNIEFF se structure en deux grands milieux. Le premier se structure autour de formations de garrigues. Il est le plus étendue et couvre l'essentiel de l'île à la faveur des affleurements calcaro-marneux. Il comprend des garrigues basses de Chêne kermès (Quercus coccifera) au sein desquelles s'insèrent des pelouses à Brachypode rameux (Brachypodium retusum). Ces dernières évoluent vers des pelouses plus écorchées sur les pentes marneuses abruptes situées essentiellement dans la partie nord de l'île, en raison de leur plus grande exposition à l'érosion éolienne et aux intempéries. Au centre de l'île, les garrigues originelles ont été remplacées par une plantation de Pin parasol (Pinus pinea). Le deuxième milieu est constitué par des formations halophiles. Ce sont des sansouires et des ourlets halophiles à salicornes et saladelle associés à des pelouses sableuses dans les ouvertures du couvert herbacé. Ces formations sont cantonnées aux rives de l'île et au cordon sableux à l'est.
Les milieux arides de garrigue hébergent plusieurs espèces patrimoniales de la faune et de la flore : le Psammodrome d'Edwards (Psammodromus edwarsianus), petit reptile typique du littoral méditerranéen ; la Centaurée fausse-chicorée (Cheirolophus intybaceus), plante thermophile des rochers et des garrigues ouvertes ; le Sainfoin épineux (Hedysarum spinosissimum), plante annuelle des coteaux marneux.
Les formations halophiles et les berges de l'île de l'Aute accueillent un habitat peu commun, les fourrés à Grand statice (Limoniastrum monopetalum), plante protégée qui n'est spontanée en France que sur le littoral audois et à l'extrémité ouest de l'Hérault. D'autres plantes patrimoniales sont encore recensées dans ces milieux comme : la Frankénie hérissée (Frankenia hirsuta), l'Orobanche penchée (Orobanche cernua) et le Catapode intermédiaire (Catapodium hemipoa).
La délimitation de la ZNIEFF correspond au rivage de l'île et du cordon sableux qui lui est accolé à l'est.
