Le complexe des Etangs du Charnier et du Scamandre se situe au nord de la Petite Camargue, en bordure des coteaux de la Costière de Nîmes.
Cette zone humide s'étend sur environ 4 300 hectares au sud des agglomérations de Vauvert et Saint-Gilles, et constitue le plus vaste ensemble fluvio-lacustre de Camargue.
La grande majorité du site est formée de dépôts d'origine lacustre du Quaternaire, tandis que la partie sud est constituée de dépôts d'origine fluviatile.
La mosaïque de milieux qui compose la ZNIEFF est traversée par des roubines et canaux ainsi que par un axe routier (D 779).
Les activités traditionnelles qui s'exercent sur la ZNIEFF : élevage et pastoralisme (manades), chasse et pêche, exploitation des roselières sont historiquement et socialement fondamentales dans le maintien et la gestion de ces marais. Les Marais de Buisson Gros et Fromagère (Propriété du Département et de la Commune de Vauvert) sont classés en Réserve Naturelle Régionale et font par ailleurs l'objet d'une fréquentation par divers publics dans le cadre de programmes de sensibilisation et d'éducation à l'environnement (scolaires, touristes, locaux...).
La ZNIEFF englobe la vaste zone humide encadrée par :
- les coteaux de la Costière nîmoise au nord ;
- le Canal du Rhône à Sète et le Petit Rhône à l'est ;
- les zones cultivées de « la Souteyranne « au sud ;
- la Plaine du Vistre et du Vidourle à l'ouest.
Les limites correspondent, soit à des changements de milieux (passage à des zones cultivées) pour l'essentiel du périmètre, soit, plus rarement, à des transitions vers d'autres types de zones humides. Ces limites sont le plus souvent matérialisées par des fossés et des canaux.