La ZNIEFF « Massif de la Malepère » est située dans l'ouest du département de l'Aude, au sud-ouest de la ville de Carcassone. Elle englobe un ensemble de collines et de vallons boisés formant la forêt de la Malepère. Le territoire défini occupe une superficie de près de 5900 hectares pour une altitude variant de 150 à 450 mètres.
Le périmètre de la ZNIEFF est essentiellement matérialisé par des lisières forestières ou des limites de parcelles cultivées de manière à englober les principaux boisements du massif de la Malepère entre la vallée de l'Aude au sud-est et le village de Montréal au nord-ouest.