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La ZNIEFF du Marais du Petit Travers se situe sur le littoral languedocien, entre les agglomérations de la Grande-Motte à l'est et Carnon à l'ouest. Elle occupe une centaine d'hectares en arrière du cordon littoral, sur la berge sud de l'étang de l'Or. Elle s'étend sur 3,5 kilomètres environ.
C'est une zone humide se composant uniquement de milieux naturels halophiles et humides. Son environnement immédiat subit une forte pression d'artificialisation du littoral : route départementale 62 à moins de 100 mètres, route départementale 59 à 300 mètres, urbanisation de Carnon-Plage (camping et quartier « Salignac «) et de la Grande-Motte (village de vacance...), fréquentation touristique massive et activités de loisir (itinéraire équestre et randonnée, Canal du Rhône à Sète et tourisme fluvial...).
En revanche, peu d'activités humaines se déroulent à l'intérieur de ce marais à l'exception d'un pâturage extensif et d'une activité de chasse.
La ZNIEFF englobe les zones humides depuis le sud de la Pointe du Grand Travers jusqu'à l'Avranche.
Les limites correspondent d'un côté à celle constituée par le niveau d'eau de l'étang, de l'autre par le Canal du Rhône à Sète.
