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La colline du Fort Saint-Elme à Collioure se situe dans les Albères Maritimes, entre les stations balnéaires de Collioure et de Port-Vendres.
La ZNIEFF correspond à la partie orientale du cirque de Collioure qui est orienté face au nord-est. Elle repose sur des terrains schisteux et s'étend sur une superficie de presque 100 hectares. Elle se compose d'une mosaïque assez lâche de milieux méditerranéens avec des zones de vignobles en terrasses.
L'urbanisation intense gagne l'environnement immédiat au nord-est de la ZNIEFF. La partie sud est entourée de parcelles cultivées (viticulture) ou en friche. Deux importantes infrastructures de transport (route nationale 113 et voie ferrée) approchent la zone, passant en sous-terrain au niveau immédiat de la ZNIEFF.
La ZNIEFF englobe l'ensemble du versant nord-est / nord-ouest de la colline, depuis la « Coma Sadolla « au nord-ouest, jusqu'au « Col d'en Raxat « à l'extrémité sud-ouest. La partie nord du site est délimitée par les zones urbanisées de Port-Vendres. A l'est et à l'ouest le tracé correspond à la ligne de crête. Le Fort Dugommier est inclus dans la ZNIEFF, mais le Fort Saint Elme forme une enclave exclue du périmètre.
