L'Etang du Méjean-Pérols se situe sur le littoral héraultais, au nord de Palavas-les-Flots. Il fait partie du complexe des étangs palavasiens qui regroupe aujourd'hui 9 étangs. Cette lagune est séparée de la mer par le Canal du Rhône à Sète, par l'Etang du Grec, puis par le lido urbanisé de Palavas. L'étang a été délimité au nord-est et au sud-ouest par des aménagements humains (routes). D'une superficie d'environ 730 hectares, l'Etang du Méjean-Pérols s'étend sur plus de 5 kilomètres de long et sa largeur varie entre 600 mètres et 2 kilomètres.
Il est entouré d'autres lagunes (étang de l'Or, de l'Arnel, du Prévost et du Grec) et de zones humides périphériques (Marais de Lattes), et, est en contact direct avec son bassin versant en grande partie urbanisé (Ville de Montpellier, Lattes, et Pérols).
La chasse (au gibier d'eau), et la pêche (Anguille, Daurade...) constituent les principaux usages se déroulant dans la ZNIEFF.
La ZNIEFF englobe uniquement la zone lagunaire de Pérols à l'est et du Méjean à l'ouest. Les limites sont marquées par :
- les berges nord de l'Etang de Méjean-Pérols ;
- un axe routier, la route départementale 21E, à l'est ;
- le Canal du Rhône à Sète (séparant la ZNIEFF de l'étang du Grec), au sud ;
- les berges ouest de la lagune du Méjean.
Les terres émergées en bordure et les éléments anthropiques sont exclus du périmètre.