La ZNIEFF « Ruisseau de Malabaisse » est située au sud de la Lozère, dans le Parc National des Cévennes. Elle est constituée par une portion du ruisseau le Malabaisse, affluent du Tarnon, au pied du Causse Méjean entre Fourques en amont et Fraissinet-de-Fourques en aval. Elle s'étend sur un linéaire de 1100 mètres environ et occupe une superficie de 8 hectares.
L'altitude varie entre 750 et 800 mètres.
La limite amont de la ZNIEFF est située sur le ruisseau de Douze, au pied du village de Fourques, et la limite aval au niveau de la Croix de Salgas.
En rive gauche comme en rive droite, le périmètre longe les pistes forestières, englobant les zones humides riveraines (ripisylve et prairies).