La ZNIEFF « Ruisseau du Merlet » est située au sud-est de la Lozère, dans le Parc National des Cévennes. Elle est constituée par une portion du ruisseau du Merlet, un affluent du Gardon de Saint-Germain, entre Saint-Germain-de-Calberte et Saint-Etienne-Vallée-Française. Elle s'étend sur un linéaire d'un peu plus de 2 kilomètres et couvre une superficie de 12 hectares. L'altitude varie entre 330 et 370 mètres.
La ZNIEFF est délimitée :
- en amont par la jonction des ravins de Serre et d'Espinassous formant le ruisseau du Merlet, au pied de Rabinat ;
- en aval par la jonction avec les ruisseaux affluents en aval du pont du Fourcarès.
De part et d'autre du cours d'eau, le périmètre englobe les zones humides riveraines (ripisylves et prairies).