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La ZNIEFF « Vallée du Gardon de Saint-Jean à Pomaret » se situe à l'ouest du département du Gard, dans le Parc National des Cévennes. Elle englobe les parties inférieures des versants exposés sud au droit du hameau de Pomaret, en aval de Saint-André-de-Valborgne. Surplombant le Gardon de Saint-Jean, elle couvre 193 hectares, pour une altitude comprise entre 380 et 820 mètres.
Au sud, le périmètre de la ZNIEFF longe la D907 en contournant les hameaux et fermes implantés le long du Gardon. A l'est, au nord et à l'ouest, la délimitation est matérialisée principalement par des lignes de crêtes et un thalweg (au niveau du Valat d'Auzillargue).
