La ZNIEFF « Ruisseau de la Corneilla » est située à l'ouest du département de l'Aude, au sud-ouest de la ville de Limoux. Elle est constituée d'un linéaire d'environ 17 kilomètres du ruisseau de la Corneilla, un affluent de l'Aude, et de l'aval du ruisseau de Bourigeole. Le territoire concerné occupe une superficie de plus de 90 hectares pour une altitude comprise entre 170 et 350 mètres.
La délimitation de la ZNIEFF est marquée à l'amont par le hameau de Saint-André sur la Corneilla et par la route menant au hameau de Bourigeole sur le ruisseau du même nom. A l'aval, c'est la confluence du ruisseau de la Corneilla avec l'Aude qui matérialise la limite.
De part et d'autre du cours d'eau, le périmètre englobe les zones humides riveraines (ripiyslves et prairies).