La ZNIEFF « Massif de Fontfroide méridional » est située dans les corbières, au sud-est de la ville de Narbonne, dans le département de l'Aude. Le massif de Fontfroide sépare la plaine littorale à l'est de la vallée de l'Aussou, un affluent de l'Orbieu, à l'ouest. La ZNIEFF englobe le versant sud-ouest du massif ainsi que les contreforts du plateau de Sur Roque. Le territoire défini occupe une superficie de presque 1685 hectares inclus en grande partie dans le Parc naturel régional de la narbonnaise en Méditerranée. L'altitude varie entre 30 et 300 mètres.
Le périmètre de la ZNIEFF s'appuie sur une succession de limites topographiques (thalweg, crête, rupture de pente), de voie de communication (chemin, piste, route) et de limites de parcelles.