La ZNIEFF « Collines et bois de Payra-sur-l'Hers » est située dans les collines de l'ouest audois, au sud-ouest de la ville de Castelnaudary. Elle englobe un ensemble de collines et de vallons à l'est du village de Paura-sur-l'Hers. Le territoire défini occupe une superficie de près de 3070 hectares pour une altitude variant entre 240 et 380 mètres.
Le périmètre de la ZNIEFF est principalement matérialisé par des routes départementales: D415 et 517 au nord-ouest, D147 au sud-ouest, D47 au sud-est, D15 et 6 à l'est.
Entre les tronçons de route départementale, la délimitation s'appuie sur des chemins, des limites de parcelles et des routes communales.
Les zones d'habitations concentrées tels que les bourgs des villages, sont contournées.