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La ZNIEFF « Cours moyen de l'Aude à Marseillette » est située dans le département de l'Aude. Elle englobe un linéaire d'environ 11 kilomètres du fleuve de l'Aude en amont et en aval du village de Marseillette. Cet ensemble occupe une superficie de près de 240 hectares pour une altitude variant entre 60 et 80 mètres.
La délimitation de la ZNIEFF est marquée à l'amont par le barrage de l'usine électrique de la Prade (au niveau du village de Floure) et, à l'aval, le pont de la route D357 reliant les villages de Douzens et Blomac.
De part et d'autre du fleuve, le périmètre englobe les zones humides riveraines (ripisylves, gravières et prairies).
