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La ZNIEFF « Serre de la clue de la Fou » est située dans le Fenouillèdes, au nord du département des Pyrénées-Orientales. Elle englobe une bonne partie du relief qui surplombe au sud la ville de Saint-Paul-de-Fenouillet. Ce relief est constitué par une crête orientée est-ouest et est traversé par le cours de l'Agly au niveau de la clue de la Fou, véritable petite gorge étroite d'environ 150 mètres de long. Le territoire défini s'étire sur près de 6,5 kilomètres de long de relief. Il occupe une superficie d'environ 465 hectares pour une altitude comprise entre 230 et 610 mètres.
Le périmètre de la ZNIEFF est matérialisé :
- au nord, par des limites de parcelles agricole (vignes ou friches) ou urbanisées, et des chemins ;
- à l'ouest, par des chemins, des thalweg et une partie de la ligne de crête ;
- au sud, par des chemins, des routes (dont les D7 et D19) et des limites de parcelles.
