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La ZNIEFF « Vallée de l'Agly » est située au nord du département des Pyrénées-Orientales. Elle englobe un linéaire d'environ 17 kilomètres de la rivière de l'Agly, entre les villes d'Estagel et de Rivesaltes. Le territoire défini occupe une superficie de près de 165 hectares pour une altitude variant entre 15 et 80 mètres.
La délimitation de la ZNIEFF est marquée à l'amont par la confluence avec la rivière de Maury et à l'aval par le gué au niveau de la gravière du village d'Espira-de-l'Agly.
De part et d'autre du cours d'eau, le périmètre englobe les zones humides riveraines (prairies et ripisylves).
