Située à l'ouest d'Ajaccio, les îles Sanguinaires et la presqu'île de la Parata forment une guirlande rocheuse à l'extrémité nord du golfe, face au Capo di Muro à l'extrémité sud.
Les îles Sanguinaires sont constituées d'une île principale Mezzu Mare, suivie par Isola di Cala d'Alga, puis à mi-distance entre la grande île et la Parata l'Isoloto ou île des Cormorans, le rocher nu "U Sbiru" et enfin l'Isola di Porri qui sont quatre îlots rocheux parsemant le détroit entre Punta di Parata et Mezzu Mare. Isola di Porri est séparée de la presqu'île par la passe des Sanguinaires.
Ces îles escarpées et aux rivages défendus par de multiples écueils ont inspiré de nombreux voyageurs qui en ont fait de longues et minutieuses descriptions. Le plus célèbre d'entre eux est Alphonse DAUDET. Depuis début 2016, le périmètre est maintenant tendu vers le nord en raison de la découverte récente d'une pante remarquable (M. Paradis) et d'un couple de Faucons pèlerins (S. Cart) mais aussi du fait de la présence d'habitats d'intérêt communautaire et en incluant l’îlot d A Botte. Le site est particulièrement original pour les espèces de flore endémique strictes ou cyrno-sardes dont le Silene velouté, l'Evax, la Nananthée naine et l'Arum mange mouche . Plusieurs habitats d'intérêt communautaire sont aussi présents. Concernant les oiseaux, les Iles sanguinaires hébergent une grosse colonie de Cormorans huppés de Méditerranée. Deux couples Faucons pèlerins nichent sur la zone (un sur les ïles et un dans des falaises de la Parata).
La délimitation correspond aux parties terrestres des îles en englobant la zone supra littorale où on trouve la Patelle géante (Patella feruginea) et à terre au secteur de la Parata, avec l'étage supra littoral, ainsi que tous les coteaux tournés vers la mer vers le nord, en prenant en compte les habitats d'Intérêt communautaire, dont les falaises à Silene et Faucon pèlerin.