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La ZNIEFF de type I possède de multiples intérêts écologiques, floristiques et faunistiques : présence de nombreuses espèces animales et végétales protégées et patrimoniales et d’un habitat déterminant. Sur le plan floristique, au sud-est, la dépression de Padulú et ses abords les plus proches, influencés par l’alternance des phases d’inondation et d’assèchement, caractéristiques des « mares temporaires méditerranéennes », présente une végétation déterminante, riche et adaptée à ces rythmes, fréquente cet habitat comme Isoetes velata, Ranunculus ophioglossifolius ou Kickxia commutata. Un secteur au nord de la dépression de Padulú correspondant à des prairies et affleurements calcaires inclut les stations d’espèces déterminantes observées telles que Serapias parviflora, Anacamptis longicornu ou seulement patrimoniales comme Fumana thymifolia subsp thymifolia (espèce très rare en Corse), Ononis minutissima (espèce rare en Corse) et Phagnalon rupestre (Espèce localisée à la région de Bonifacio). De même, à l’ouest du site, la continuité de la zone de maquis haut similaire à celle du périmètre étudié, présente des caractéristiques semblables. Il accueille également Serapias nurrica et Gennaria diphylla, espèces déterminantes à haute valeur patrimoniale.
Le site de Padulú possède un intérêt batracologique indéniable : ses zones humides temporaires accueillent de très belles populations de plusieurs espèces d’amphibiens déterminants ou non. L’intérêt herpétologique s’illustre par la présence de 4 espèce déterminantes : la Tortue d’Hermann occupe largement ce secteur et les alentours et l’Algyroïde de Fitzinger courant dans cette micro-région est bien présent sur le site. De plus, l’Hémidactyle verruqueux et la Couleuvre à collier corse semblent également présents sur le site.
Le site de Padulú accueille, a minima, 3 espèces déterminantes strictes d’oiseaux et 3 espèces déterminantes en assemblage. On peut ainsi citer des espèces aux écologies très variées telles que le Martinet à ventre blanc, le Petit gravelot ou encore le Faucon pèlerin.
