L’estuaire de l’Iracoubo est situé dans l’Ouest de la Guyane à mi-chemin entre le fleuve Sinnamary et les rizières de Mana. De 160 km environ, le fleuve prend sa source au pied de la montagne des Trois-Roros au Nord-Ouest de Saint-Elie. A 5 km de l’embouchure, le fleuve se divise en deux et donne naissance à la rivière de Counamama. Le bassin versant occupe environ 2 500 km ² et le débit annuel est estimé à 153 m3/s.
La ZNIEFF de l’estuaire de l’Iracoubo possède une superficie de 351 ha. Celle-ci correspond aux masses d’eaux les plus salées du fleuve (jusqu’à la limite des 5g/L environ) dont l’étendue a été définie à partir des mesures physico-chimiques effectuées dans le cadre de la Directive Cadre Eau. Les relevés ont été effectués en saison sèche pendant la marée haute afin d’obtenir les plus fortes valeurs. La zone vient également en limite des ZNIEFF-continentales existantes qui englobent les mangroves et vasières de la commune d’Iracoubo.
La faune associée à cette ZNIEFF vit sous l’importante influence des marées et d’un apport en eau douce qui modifient son niveau de salinité. Ainsi, il est possible d’y observer des espèces pouvant évoluer en milieu saumâtre.
Concernant les mammifères marins, les Lamantins (Trichechus manatus) fréquentent l'estuaire jusqu’à la confluence avec la rivière de Counamama.
L’avifaune est diversifiée au sein de cette ZNIEFF comprenant la famille des Laridés avec la présence de grands migrateurs tels que le Bec-en-ciseaux noir (Rynchops niger) et différentes Sternes. Dans la zone de balancement des marées, la vasière constitue des zones de nourrissage et de reposoirs importantes pour les oiseaux, notamment les Limicoles comme les bécasseaux, les Ardéidés littoraux et autres grands échassiers comme la Grande Aigrette (Egretta alba), l'Aigrette neigeuse (Egretta thula), l'Aigrette tricolore (Egretta tricolor), l'Aigrette bleue (Egretta caerulea) ou encore le Bihoreau gris (Nyctycorax nyctycorax).
Les connaissances concernant les poissons de mer qui occuperaient cette ZNIEFF sont encore très fragmentaires. Toutefois, l’influence du milieu marin et les études effectuées dans certains fleuves guyanais permettent de justifier la présence de ce groupe taxonomique en milieu estuarien (incluant les tarpons, anchois, acoupas...). Par ailleurs, il est probable que les mangroves de l’Iracoubo jouent un rôle dans le développement larvaire des poissons de mer.
BD ortho IGN 2005/Masses d'eau de transition DCE 2013