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L’embouchure de la rivière de Cayenne est située au Nord-Ouest de la ville de Cayenne. Elle résulte de la confluence de la rivière de Tonnégrande au Nord et de la rivière des Cascades au Sud. D’une longueur totale de 43,7 km depuis les sources de ses deux bras principaux, la rivière n’a qu’une quinzaine de kilomètres sous le nom de rivière de Cayenne. Cette dernière reçoit également les eaux de la rivière Montsinéry, bien plus large, et est reliée par une voie d’eau au fleuve Mahury. Son estuaire atteint une largeur de 2,5 km environ puis se resserre entre la Pointe Macouria et le port du Larivot.
La ZNIEFF de la rivière de Cayenne possède une superficie de 1 312 ha. Celle-ci correspond aux masses d’eaux les plus salées du fleuve (zone polyhaline) dont l’étendue a été définie à partir des mesures physico-chimiques effectuées dans le cadre de la Directive Cadre Eau. Les relevés ont été effectués en saison sèche pendant la marée haute afin d’obtenir les plus fortes valeurs. La zone vient également en limite des ZNIEFF-continentales existantes qui englobent les zones humides de la crique Fouillée ainsi que le secteur du Mont Grand Matoury et Petit Cayenne.
La faune associée à cette ZNIEFF vit sous l’influence des marées et d’un apport en eau douce qui modifient son niveau de salinité. Ainsi, il est possible d’y observer des espèces de milieu saumâtre.
Concernant les mammifères marins, le Lamantin (Trichechus manatus) et le Dauphin de Guyane (Sotalia guianensis) sont observés dans cette ZNIEFF où ils s'alimentent et se réfugient.
A l’image des autres estuaires du reste de la Guyane, l’avifaune rencontrée est principalement composée d’Ardéidés et de limicoles (Grande Aigrette (Egretta alba), Aigrette neigeuse (Egretta thula), Tournepierre à collier (Arenaria interpres)) qui viennent s’alimenter et se reposer dans la zone de balancement des marées. Quelques oiseaux marins sont aussi observés en vol tels que la Mouette atricille (Leucophaeus atricilla) et la Sterne royale (Sterna maxima).
Des pêches scientifiques ont été réalisées dans cette ZNIEFF et ont permis d’obtenir des listes de poissons marins présents dans la zone. Les données restent fragmentaires, mais tarpons, mérous et différentes espèces de requins sembleraient effectuer une partie de leur cycle vital dans ces eaux (reproduction, développement larvaire et des jeunes).
BD ortho IGN 2011/Masses d'eau de transition DCE 2013/Trait de côte DEAL 2015
