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Le fleuve et la Baie de l'Oyapock marquent la frontière entre la Guyane et le Brésil. D’une longueur de 403,4 km, le fleuve prend sa source au Brésil dans l’Etat de l’Amapa sur le versant Nord de la Serra Uassipein. La surface de son bassin versant occupe 25 120 km (Station Saut Maripa) et son débit est de 835 m3/s. Il subit une période de hautes eaux entre février et juin et une période d’étiage entre septembre et novembre lors de la saison sèche. Le minimum observé (Station Saut Maripa) a été de 57 m3/s en 1983 et un maximum de 4 970 m3/s en 1989.
La ZNIEFF de la Baie de l’Oyapock possède une superficie de 25 884 ha comprenant la partie française de la baie et la partie avale du fleuve jusqu'au niveau de l’ilet Biche, située au Sud de l’ilet Perroquet. La ZNIEFF intègre les masses d’eaux les plus salées (jusqu’à la limite des 5g/L) dont l’étendue a été définie à partir des mesures physico-chimiques effectuées dans le cadre de la Directive Cadre Eau. Les relevés ont été effectués en saison sèche pendant la marée haute afin d’obtenir les plus fortes valeurs. La zone est délimitée à l’Ouest par la ZNIEFF-continentale de type II « Pointe Béhague et Baie de l’Oyapock » ainsi que par les ZNIEFF-continentales de type I « Côte de la Montagne d’Argent » et « Fausse Montagne d’Argent ». Puis à l’Est, elle est délimitée par la frontière avec le Brésil. Comme tout le littoral de Guyane, cette zone est soumise à une forte dynamique côtière due au système de dispersion amazonien. La côte orientée Sud-Est - Nord-Ouest est longée par des courants océaniques de même direction. Ainsi, des millions de mètres cubes de sédiments fins provenant de l'Amazone sont transportés le long des côtes par les courants ; il en résulte un système morphodynamique spécifique avec alternance d'accumulation de sédiments formant des bancs de vases colonisés par la mangrove et d'érosion (cordons sableux ou mangroves en recul). Les milieux littoraux sont donc soumis à une perpétuelle évolution (cf. description des ZNIEFF-continentales 2009-2012).
Comme le fleuve Approuague, le niveau d’informations sur les espèces est assez faible dû au manque de prospection dans la zone. Concernant les oiseaux, ils sont donc peu connus. Les bases de données naturalistes ne comprennent les observations que de quelques espèces d’échassiers, limicoles et oiseaux marins. La baie et ses vasières jouent un rôle majeur pour l'alimentation et le repos d'oiseaux tels que le Héron cocoï (Ardea cocoï), le Bécasseau semipalmé (Calidris pusilla) et la Sterne hansel (Gelochelidon nilotica). Les parties marines constituent des zones de nourrissage importantes pour les Frégates superbes (Fregata magnificens) nichant au Grand Connétable.
Le Lamantin (Trichechus manatus) et le Dauphin de Guyane sont les mammifères marins rencontrés dans cette ZNIEFF ; le Lamantin étant aussi observé plus en amont dans les eaux saumâtres de la rivière Ouanary.
Les données de télémétrie issues du balisage de quelques Tortues vertes prouvent la présence de cette espèce dans la baie qui est située sur leur route de migration vers le Brésil.
Les connaissances sur les poissons de mer sont fragmentaires car peu d’études ont été réalisées dans le fleuve. Les espèces capturées sont similaires à celles de l’Approuague comprenant entre autres le Tarpon de l’Atlantique (Megalops atlanticus), le Parassi (Mugil incilis), le Mérou géant (Epinephelus itajara) et l’Acoupa chasseur (Macrodon ancylodon).
Scan 25 IGN 2005/Scan littoral SOM-IGN 2009/Masses d'eau de transition DCE 2013/Trait de côte DEAL 2015
