Situé à 17 km de la côte, au sud de la baie de Concarneau, l'archipel de Glénan constitue un ensemble insulaire de biocénoses marines, peu soumis aux influences continentales. Ses multiples îlots sont disséminés sur environ 35 km. La bordure ouest de l'archipel offre des tombants rocheux monumentaux jusqu'aux profondeurs de 30 à 40 m. Le cercle des îles entoure une petite mer intérieure peu profonde, la Chambre, d'une superficie de 1500 ha environ. Cette disposition en "lagon" est tout à fait remarquable et unique sur les côtes atlantiques.
Les îles et îlots présentant des parcelles cadastrées ont été exclues du périmètre. Le reste des îles et îlots sont conservés au nom de la continuité écologique.