Typologie nationale des habitats marins benthiques de la Manche, de la Mer du Nord et de l'Atlantique (NatHab-Atl)
Date de mise à jour du jeu de données
01/03/2019
Auteurs de la typologie
Noëmie Michez (UMS 2006 PATRINAT), Annabelle Aish (MNHN-SPN), Ann C. Andersen (ABICE/UMR 7144/ Sorbonne Université), Erwan Ar Gall (LEMAR/UMR 6539/IUEM), Alexandrine Baffreau (M2C/UMR 6143/Université de Caen Normandie), Touria Bajjouk (LEBCO/DYNECO/IFREMER), Hugues Blanchet (EPOC/UMR 5805/Université de Bordeaux), Pauline Cajeri (LIENSs/UMR 7266/Université de La Rochelle), Pauline Chauvet (LEP/EEP/IFREMER), Jean-Claude Dauvin (M2C/UMR 6143/Université de Caen Normandie), Dominique Davoult (EFEB/UMR 7144/ Sorbonne Université), Thibaut de Bettignies (UMS 2006 PATRINAT), Marie-Noëlle de Casamajor (LRHAQ/IFREMER), Sandrine Derrien-Courtel (Station de Biologie Marine de Concarneau/MNHN), Stanislas Dubois (LEBCO/DYNECO/IFREMER), Marie-Claire Fabri (LERPAC/LITTORAL/IFREMER), Aurélie Foveau (FBN/LELRA/IFREMER), Franck Gentil (DIVCO/UMR 7144/ Sorbonne Université), Brigitte Guillaumont (LEP/EEP/IFREMER), Jacques Grall (UMS 3113/IUEM/UBO), Christian Hily (LEMAR/CNRS/IUEM/UBO), Céline Houbin (Station Biologique de Roscoff/OSU), Anne-Laure Janson (UMS 2006 PATRINAT), Marie La Rivière (UMS 2006 PATRINAT), Laurent Lévèque (Station Biologique de Roscoff/OSU), Line Le Gall (ISYEB/UMR 7205/MNHN), Sophie Lozach (M2C/UMR 6143/Université de Caen Normandie), Lénaick Menot (LEP/EEP/IFREMER), Josiane Popovsky (IMA), Céline Rolet (LOG/UMR 8187/Université Lille 1), Thierry Ruellet (GEMEL), Pierre-Guy Sauriau (LIENSs/UMR 7266/Université de La Rochelle), Nathalie Simon (AD2M/UMR 7144/Sorbonne Université), Laurent Soulier (IMA), Eric Thiébaut (DIVCO/UMR 7144/ Sorbonne Université), Julie Tourolle (LEP/EEP/IFREMER), Inge Van den Beld (LEP/EEP/IFREMER)
Auteurs de la table
PatriNat
Territoire(s) concerné(s)
Manche, Mer du Nord et Atlantique français
Organisme responsable
PatriNat
Langue d'origine des données
FR
Contexte
Compte tenu de l’intérêt grandissant des politiques publiques pour le milieu marin et de l’actualité chargée des différents programmes de gestion, de conservation ou d’inventaire (inventaires ZNIEFF, inventaire biologique et analyse écologique des habitats marins patrimoniaux des sites N2000 et des PNM, Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin, Système d’Information sur la Nature et le Paysage), le besoin de cohérence est élevé. Le développement de ces programmes nécessite la mise en place et l’utilisation d’outils tels que les référentiels. Ils permettent de définir un langage commun ainsi que les unités de travail. Parmi ces référentiels, il existe plusieurs classifications des habitats benthiques. Créées dans des contextes particuliers, elles répondent à des objectifs donnés, soit de connaissance et d’inventaire comme la typologie des ZNIEFF-Mer (Dauvin et al., 1994), soit de gestion et de conservation comme la typologie des habitats d’intérêt communautaire de l’Union Européenne (European Commission, 2007). Ces outils, adaptés à leur problématique, se rapportent à des échelles différentes : européenne pour Natura 2000 et EUNIS, nationale ou régionale pour les ZNIEFF. Il était nécessaire d’homogénéiser et d’harmoniser ces référentiels existants. Pour cela un nouveau référentiel national des habitats marins benthiques a été créé en synthétisant cet existant et en le complétant. Il est composé de deux typologies : une relative aux biocénoses de Méditerranée et l’autre concernant les habitats de la Manche, de la Mer du Nord et de l’Atlantique. Son utilisation est préconisée pour l’ensemble des programmes ayant trait à la conservation des habitats marins à l’échelle nationale.
Description du travail
Cette typologie sert de référence à l’échelle nationale pour les habitats marins benthiques présents en Manche, en Mer du Nord et en Atlantique.
Sa première version, parue en 2013 (rapport explicatif Michez et al., 2013), était intégralement basée sur la proposition de typologie du REBENT (Guillaumont et al., 2008 et Bajjouk et al., 2011) à laquelle des habitats identifiés dans la bibliographie ou émanant de la communauté scientifique avaient été intégrés ainsi que certains habitats de la classification EUNIS (2008). Elle contenait 458 unités réparties en 7 niveaux. Suite à l’acquisition de nouvelles informations sur les habitats marins benthiques, une mise à jour de la typologie était nécessaire pour qu’elle soit le reflet des connaissances actuelles et a abouti à une deuxième version parue en 2015 (rapport explicatif Michez et al., 2015). Elle incluait 565 unités réparties en 6 niveaux. La version actuelle, la version 3, est parue en 2019 (rapport explicatif Michez et al., 2019). Elle comporte 664 unités hiérarchisées selon 5 niveaux. Par rapport à la version 2, le premier niveau hiérarchique a entièrement été modifié par soucis de cohérence avec la mise à jour d’EUNIS. Il se compose de 28 unités qui sont des combinaisons d’un étage et d’un type de substrat (par exemple les roches infralittorales). De nouveaux habitats ont été ajoutés, la codification a été totalement revisitée et la terminologie a été homogénéisée.
La collaboration de nombreux experts benthologues a été primordiale pour l'établissement et la consolidation de ce référentiel.
Origine du jeu de données
Fichier créé par Noëmie Michez et mis à jour par Marie La Rivière, Juliette Delavenne et Salomé Andres (PatriNat)
Références bibliographiques
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Référencement
PatriNat, 2023. Table de la typologie nationale des habitats marins benthiques de la Manche, de la Mer du Nord et de l'Atlantique (NatHab-Atl). Base de données HabRef v7.
Dernière modification
Depuis la version 5.0 d'HABREF (novembre 2019), modifications de la version 3 de la typologie incluses dans la version 7.0 d'HABREF : 108 fiches descriptives complètes ont été ajoutées pour toutes les unités de niveau 2 et certains champs descriptifs ont été remplis pour 320 fiches de niveau 3 ou 4. Le libellé de 10 unités a été modifié (5 pour tenir compte de l'évolution de la taxonomie et 5 pour clarifier le cadre de l'unité). Une unité de niveau 3 a été supprimée et les 2 unités de niveau 4 qu'elle incluait ont été déplacées. Le statut de présence en France de 22 unités a été modifié en incertain (à confirmer).
Version 3 de la typologie incluse dans la version 5.0 d’HABREF, pour plus d’explications sur les modifications opérées dans cette version de la typologie se reporter au rapport : Michez N., Thiébaut E., Dubois S., Le Gall L., Dauvin J.C., Andersen A. C., Baffreau A., Bajjouk T., Blanchet H., de Bettignies T., de Casamajor M.-N., Derrien-Courtel S., Houbin C., Janson A.L., La Rivière M., Lévèque L., Menot L., Sauriau P.G., Simon N., Viard F., 2019. Typologie des habitats marins benthiques de la Manche, de la Mer du Nord et de l’Atlantique. Version 3. UMS PatriNat, Muséum national d'Histoire naturelle, Paris, 52 p.
Source de l'ajout à la typologie
L’habitat B6-4 Vases infralittorales en milieu à salinité variable figurait dans la version 1 de la typologie (Michez et al., 2013) sous le code et la dénomination M10.03 Vases sublittorales en milieu à salinité variable. Tout en conservant le même code, son nom évolue vers Vases infralittorales en milieu à salinité variable dans la version 2 de la typologie (Michez et al., 2015), avant que son code n’évolue à son tour dans la version 3 de la typologie (Michez et al., 2019).
Facteurs abiotiques
Etage : Infralittoral
Nature du substrat : Vases et vases sableuses
Répartition bathymétrique : 0-20 m environ [Dépend de la pénétration de la lumière, ce qui est très variable selon les sites. S’étend jusqu’où l’intensité lumineuse est compatible avec la vie des macrophytes photophiles]
Hydrodynamisme : Faible à fort
Salinité : Euryhalin
Température : Cyclotherme journalier, bimensuel et saisonnier
Lumière : Système phytal, eaux turbides
Régime trophique : Mésotrophe à eutrophisé
Caractéristiques stationnelles
Les vases infralittorales correspondent à l’habitat le plus répandu dans les fonds des estuaires et des lagunes littorales à marée. Les vases pures contiennent plus de 75 % de particules fines inférieures à 63 µm (ratio sable:vase < 1:9) et les vases sableuses correspondent à un ratio sable:vase compris entre 1:9 et 1:1.
Dans les estuaires, le transport et le dépôt des particules fines sont liés à la circulation des masses d’eau, dite « circulation résiduelle », qui est la résultante de facteurs constants (bathymétrie et physiographie de l’estuaire) et variables (courants fluviaux, courants de marée, vents). Contrairement aux particules de sable, qui par charriage ou saltation s’éloignent relativement peu ou très progressivement de leur région d’origine, les particules de limon et d’argile peuvent transiter facilement le long de l’estuaire par suspension dans les masses d’eau. Le stock de particules en suspension qui forme le « bouchon vaseux » explique la distribution généralisée des vases au sein de l’estuaire, plus ou moins mobiles ou cohésives, stables ou éphémères.
Dans les lagunes, le type d’envasement dépend du degré d’échange avec la mer. Les lagunes semi-fermées et fermées sont davantage propices à la sédimentation de particules fines que les lagunes ouvertes.
La méiofaune et la macrofaune benthique sont particulièrement dépendantes de la stabilité du substrat. Les vases stables hébergent une faune relativement diversifiée à proximité des conditions marines et une faune paucispécifique mais plus abondante dans des conditions de salinité réduite. Les communautés comprennent généralement des oligochètes et des polychètes. Les vases instables ne permettent pas l’établissement d’une endofaune et sont extrêmement pauvres, voire dépourvues de macrofaune. Les seuls individus qui y sont échantillonnés proviennent d’autres milieux et sont amenés par les courants.
Variabilité
L’habitat et sa composition faunistique varient selon la combinaison des facteurs suivants :
- la courantologie locale, corrélée à la morphologie du site, au régime tidal (méso-, macro- ou mégatidal), au positionnement dans le système estuarien et à la circulation des masses d’eau ;
- la composition du substrat (vases plus ou moins fines, mêlées ou non d’éléments plus grossiers) et sa teneur en matière organique ;
- la cohésion du substrat ;
- le gradient de salinité, qui dépend de la marée et du débit du fleuve ;
- la pollution et autres pressions anthropiques.
La granulométrie du sédiment influence la composition faunistique dans les secteurs euhalin et polyhalin et joue un rôle très secondaire en domaines oligohalin et mésohalin. Les sous habitats de niveau trois sont décrits dans leurs fiches respectives.
Communautés ou espèces caractéristiques
L’habitat B6-4 ne se reconnaît pas par des espèces caractéristiques mais par la bathymétrie et le type de substrat en milieu à salinité variable.
Espèces associées
Dans le cadre de cette fiche, les espèces associées ont été définies comme les espèces les plus fréquemment citées dans la littérature pour cet habitat.
La liste regroupe les espèces communément retrouvées dans les secteurs polyhalin, mésohalin et oligohalin de cet habitat. Pour le secteur euhalin, se référer à la liste d’espèces associées de l’habitat B6-3 Vases infralittorales, à laquelle peuvent être ajoutées les espèces citées ici.
Des espèces inféodées à d’autres habitats associés ou en contact, peuvent être retrouvées dans les vases infralittorales, transportées par les flots.
En domaines oligohalin et mésohalin, le type sédimentaire joue un rôle secondaire dans la structuration des peuplements benthiques. On pourra ainsi trouver dans ces secteurs les mêmes espèces quel que soit le type de substrat meuble.
Dynamique temporelle
Dans les estuaires, en période d’étiage, le bouchon vaseux se situe en amont, à la limite de l’intrusion saline, là où la vitesse de la circulation résiduelle près du fond s’annule. A ce niveau, par faibles coefficients de marée et à l’étale, les particules se déposent sur le fond et s’accumulent sous forme de lentilles de crème de vase. A l’agitation des eaux (jusant, flot, vives-eaux), ces lentilles s’érodent et les particules sont remises en suspension. En période de crue, le bouchon vaseux est situé à l’aval de l’estuaire et/ou peut en être expulsé. Les vases mobiles sont ainsi surtout présentes au niveau de l’embouchure. Les vases plus stables dans le temps, meubles ou cohésives, se forment dans les zones abritées des estuaires, là où la circulation résiduelle est faible ou nulle.
L’endofaune qui subit les variations saisonnières est plus diversifiée et plus abondante au cours de la saison calme. La saison estivale, synonyme d’un régime hydraulique et de gradient de salinité plus constants, favorise le recrutement d’espèces. En période hivernale, le fort débit fluvial qui modifie la salinité et la cohésion des sédiments impacte les communautés établies lors de la saison précédente.
Habitats pouvant être associés ou en contact
L’habitat B6-4 peut potentiellement être en contact avec les habitats suivants :
En contact supérieur avec les habitats médiolittoraux :
- A1-5 Roches ou blocs médiolittoraux avec fucales en milieu à salinité variable
- A3-3 Sédiments grossiers médiolittoraux en milieu à salinité variable
- A4-2 Sédiments hétérogènes envasés médiolittoraux en milieu à salinité variable
- A5-5 Sables médiolittoraux en milieu à salinité variable
- A6-3 Vases médiolittorales en milieu à salinité variable de la slikke
- A5-6.2 Herbiers à Zostera noltei sur sables médiolittoraux en milieu à salinité variable
- A6-4.2 Herbiers à Zostera noltei sur vases médiolittorales en milieu à salinité variable
En contact de même niveau bathymétrique ou en association avec :
- B1-8 Roches ou blocs infralittoraux en milieu à salinité variable
- B3-3 Sables grossiers et graviers infralittoraux en milieu à salinité variable
- B4-2 Sédiments hétérogènes infralittoraux en milieu à salinité variable
- B5-4 Sables mobiles infralittoraux en milieu à salinité variable
- B5-5 Herbiers à Zostera marina sur sables infralittoraux
- B5-6 Herbiers à Ruppia maritima sur sables infralittoraux
- B6-1 Vases sableuses infralittorales non eutrophisées
- B6-2 Vases sableuses infralittorales eutrophisées
- B6-3 Vases infralittorales
En contact inférieur avec les habitats circalittoraux :
- C1-8 Roches ou blocs circalittoraux en milieu à salinité variable
Confusions possibles
Une confusion d’ordre altitudinale peut avoir lieu avec l’habitat A6-2 Vases médiolittorales en milieu à salinité variable de la slikke. Le relevé des coordonnées GPS couplé aux cartes marines permet de faire la distinction.
En limite d’estuaire, cet habitat peut être facilement confondu avec les habitats marins B6-1 Vases sableuses infralittorales non eutrophisées, B6-2 Vases sableuses infralittorales eutrophisées et B6-3 Vases infralittorales, qui lors des périodes de crue peuvent également subir des variations de salinité. Il convient de se référer aux limites géographiques établies pour chaque système estuarien.
Répartition géographique
Cet habitat est présent dans tous les estuaires de la façade Manche – Mer du Nord – Atlantique ainsi que dans les baies et les lagunes sous influence d’eaux douces. Parmi les lagunes naturelles, on peut citer le Hâble d’Ault, séparé par la mer par un cordon de galets, les étangs de Trévignon et la lagune fermée de la Belle Henriette en Vendée, alimentée par une nappe phréatique connectée à la mer.
Fonctions écologiques
Dans les estuaires, la matière organique piégée dans la masse turbide est nécessaire aux processus de minéralisation bactérienne. Les éléments nutritifs ainsi libérés sont utilisés plus en aval dans les mécanismes de production primaire. Ce rôle épurateur de la masse turbide est essentiel pour la qualité du littoral.
Les fonds vaseux des estuaires attirent peu de prédateurs. Seuls quelques organismes fouisseurs démersaux ou benthiques dont les poissons plats viennent s’y alimenter.
Dans les lagunes à marée, où le régime trophique est généralement eutrophe, les peuplements de diatomées benthiques épipéliques et épiphytiques qui forment le microphytobenthos, constituent avec les phanérogammes (Zostera, Ruppia, Potamogeton) et les macroalgues (Chaetomorpha et Ulva) les premiers maillons du réseau trophique de ces écosystèmes. Cette importante production primaire attire des micro-métazoaires, une méiofaune (nématodes) et des macroinvertébrés benthiques détritivores phytophiles (Ecrobia ventrosa, Idotea chelipes, Sphaeroma hookeri, Palaemonetes varians, Gammarus chevreuxi). Cette faune benthique est elle-même consommée par les juvéniles de poissons euryhalins qui colonisent ces milieux (mulets Liza aurata et Liza ramada, l’anguille Anguilla anguilla, le bar Dicentrarchus labrax).
Statut de conservation
Au titre de la DHFF (92/43/CEE), l’habitat B6-2 peut correspondre à l’HIC 1130 « Estuaires », à l’HIC 1150 « Lagunes côtières » ou à l’HIC 1160 « Grandes criques et baies peu profondes » sous réserve de respect des critères d'identification géomorphologiques et de délimitation physiographiques de l'HIC. Il peut également correspondre à l’HIC 8330 « Grottes marines » sous réserve de respect des critères d’identification de l’HIC (notamment de seuil de taille).
Tendance évolutive
La plupart des lagunes du littoral atlantique ont depuis très longtemps été exploitées pour les propriétés spécifiques de ce type de milieux (extraction de sel, élevages aquacoles de poissons, de crevettes, conchyliculture, saliculture). On observe cependant peu à peu une déprise des activités de culture et d’élevage. L’abandon progressif de ces pratiques, souvent associées à une gestion des eaux, a des conséquences sur les habitats naturels associés telles que les vases infralittorales lagunaires.
Auteur(s)
Latry L., Blanchet H.
Date de rédaction
2020
Bibliographie
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