Liste hiérarchisée et descriptifs des habitats des Cahiers d'habitats

Les unités marines des Cahiers d'Habitats ne sont plus utilisées suite à la publication de l'interprétation française des HIC marins (de Bettignies et al., 2021). L’interprétation française de l'unité HIC est disponible ici, ainsi que les correspondances avec la typologie nationale d'habitats benthiques (NatHab-Atl).

L'habitat s'étend des limites supérieures des pleines mers de mortes-eaux (0 m) jusqu'aux limites inférieures des basses mers de vives-eaux (étage médiolittoral). Il peut aussi, parfois, concerner l'étage infralittoral, mais le peuplement n'y est pas différent.
Substrat très divers : des sables fins aux vases.
Salinité variable : milieux euhalin (30 à 35 PSU), polyhalin (18 à 30 PSU), mésohalin (5 à 18 PSU) et oligohalin (0,5 à 5 PSU).

Variabilité liée aux variabilités des substrats, aux différents degrés de salinité du milieu, à la présence de phanérogames (Salicornes, Joncs, Zostera noltii…), à la présence de cyanophycées…
Variabilité due aux niveaux topographiques et aux profils des pentes.
Variabilité liée aux perturbations anthropiques, comme les apports de matières organiques, avec présence d'espèces opportunistes au sein de la macrofaune venant se surimposer ou se substituer à la faune estuarienne.

Mollusques bivalves fouisseurs : Macoma baltica, Scrobicularia plana, Cerastoderma lamarcki et C. edule, Abra tenuis, Mya arenaria.
Vers polychètes : Hediste diversicolor, Streblospio spp., Manayunkia aestuarina.
Mollusques gastéropodes : Hydrobia spp.
Crustacés amphipodes : Corophium volutator et C. arenarium ; crustacé isopode : Cyathura carinata.
Il s'agit plus largement de la communauté à Macoma baltica, qui se présente sous des aspects (faciès) très variables étant donné le peu d'interactions biotiques existant au sein de ce type de peuplement. Le plus souvent, on observe des mosaïques de populations, isolées spatialement et variables temporellement.

Des confusions sont possibles avec les lagunes (UE : 1150*). Le milieu estuarien suppose l'intervention de la marée dynamique. Lorsque cet échange avec le milieu marin est freiné par la construction de flèche de sable, les conditions deviennent lagunaires, mais le peuplement concerné est peu différent (faune saumâtre).

Typologie ZNIEFF-Mer (1994) : II.1, II.2.1, II.2.2, II.2.3
Typologie Marine Biotopes (1996) : LMUHedMac, LMUHedMacMan, LMUHedScr, LMX. Max
Typologie EUNIS (1999) : A2.7

La dynamique mesurable est celle des populations qui varient spatialement et temporellement.
Les espèces subissent de fortes contraintes physiques et chimiques et il n'y a pas de réelle structuration des peuplements basée sur les interactions entre populations. Il peut cependant exister une forte compétition interspécifique, mais elle est le plus souvent intraspécifique avec ségrégation spatiale des jeunes cohortes par rapport aux plus âgées. D'une année sur l'autre ces populations sont très fluctuantes. Cette variabilité est donc double : temporelle et spatiale.
Les herbiers de Zostère naine (Zostera noltii) peuvent occuper cet habitat en lui conférant une physionomie toute particulière. Cette présence n'est ni obligatoire ni caractéristique puisqu'on les trouve aussi en milieu marin (UE : 1140) ou lagunaire (UE : 1150*). Ces herbiers offrent des conditions de refuge tout à fait intéressantes pour certaines espèces, même s'ils sont peu étoffés. Ils sont à la base de la nutrition de populations d'herbivores, résidentes ou le plus souvent migratoires (poissons, oiseaux…).

Contact supérieur avec la flore des schorres : végétations annuelles pionnières à Salicornia (UE : 1310), prés à Spartina du Spartinion anglicae (UE : 1320), prés salés atlantiques des Glauco, Puccinellietalia (UE : 1330). Cette succession est illustrée figure 2, page 43. L'habitat est relayé par les replats boueux ou sableux (UE : 1140) lorsque les conditions sont marines.
Contact inférieur avec les habitats subtidaux : grandes criques et baies peu profondes (UE : 1160) et bancs de sable à faible couverture permanente d'eau marine (UE : 1110).

Cet habitat est présent à la fois dans les grands estuaires (Somme, Seine, Loire, Gironde…) et dans les petits estuaires (Aa, Canche, abers…), sur l'ensemble du littoral Manche-Atlantique.

Milieux à faible diversité biologique mais à fort potentiel biologique (très importante production primaire phytoplanctonique locale ou importée des zones d'amont).
Milieux utilisés comme aire de nourrissage par des oiseaux à basse mer et par des juvéniles de poissons (plats notamment) à marée haute.
Zone de transit entre les milieux d'eau douce et marin pour les espèces migratoires (Saumon, Anguille, Anguilla anguilla…).
Présence du Phoque veau marin (Phoca vitulina; UE : 1365).

Ce sont des milieux à forte stabilité biologique malgré la faiblesse des interactions entre les populations d'invertébrés (répartition en mosaïque des populations). Cela vient du fait que les populations de ces milieux très variables physiquement sont nécessairement très résistantes.
L'évolution générale de cet habitat est caractérisée par l'envasement des fonds et par la détérioration de la qualité des eaux estuariennes. Cela est dû à la forte anthropisation par artificialisation des berges. Les zones portuaires ont favorisé les enrochements, les infrastructures linéaires, les portes à flots… L'estuaire est ainsi coupé des échanges latéraux. La dynamique naturelle des eaux estuariennes est aujourd'hui très modifiée.
D'un autre côté la qualité des eaux est menacée par la surcharge en matière organique venant des bassins versants, les apports des émissaires urbains, les menaces d'anoxie… A cela s'ajoute la contamination des organismes par les micropolluants, métaux lourds, etc., pouvant affecter la santé de leurs prédateurs (y compris l'homme).

L'intérêt cynégétique est fort, ainsi que les potentialités halieutiques.
Zone d'aquaculture intensive, traditionnelle (ostréiculture) ou nouvelle (cages à poissons).

Les estuaires hébergent des populations résidentes ou migratrices d'oiseaux et de poissons qui sont des prédateurs de niveau supérieur. Ils ingèrent donc des proies qui peuvent être contaminées par des produits polluants qui se trouvent ainsi accumulés dans les niveaux supérieurs de l'écosystème.
Si les effets de ces polluants sur les organismes vivants ne sont pas toujours faciles à évaluer, il est néanmoins essentiel de maintenir les estuaires à des niveaux faibles de contamination, en en réduisant les sources, qu'elles soient localisées sur les rives de l'estuaire (urbanisation, industrie) ou au niveau des bassins-versants (agriculture, élevages…).
La réduction des rejets industriels de polluants oxydables dans les estuaires est un préalable nécessaire afin d'améliorer la teneur en oxygène dissous des eaux, ce qui se révélera d'ailleurs favorable pour la vie aquatique en général. Cette teneur en oxygène est très liée aux déplacements (à très forte variabilité) des zones de turbidité maximale ("bouchon vaseux"), où les particules fines sédimentaires absorbent les éléments polluants et contaminants (bactéries pathogènes). Cette mesure est d'autant plus importante que les capacités des stations d'épuration des communes riveraines sont souvent inadaptées. Aussi est-il indispensable de maintenir les échanges latéraux de l'estuaire en limitant l'endiguement latéral. Dans tous les cas, tous les aménagements dans les estuaires nécessitent des études d'impact minutieuses.
Les travaux récurrents de dragage pour entretenir les chenaux de navigation ou d'extraction de sable remettent en circulation les éléments polluants qui pouvaient être enfouis dans les sédiments. Il faut donc se référer, dans le cas des métaux lourds (fer, cadmium, plomb, chrome, mercure…) aux recommandations du groupe GEODE.
Les aménagements du cône estuarien et de la plaine alluviale ne peuvent être menés qu'avec un maximum de précautions et une planification d'ensemble. Etant donné la variabilité des situations correspondant à cet habitat, il est évident que les cadres de gestion ne pourront être établis qu'au cas par cas après concertation avec les gestionnaires et les scientifiques concernés.

Mises au point d'EQS ("Ecological Quality Standard", indices de qualité biologique) permettant d'évaluer la qualité du milieu (Elliot, 1996) et la santé de l'écosystème. Les analyses doivent être réalisées aux plus hauts niveaux d'organisation (écosystème, peuplements, populations…). Pour les polluants, les analyses doivent être effectuées dans le milieu fluide mais surtout dans le milieu sédimentaire et dans la matière vivante.

 Bensettiti F., Bioret F., Roland J. & Lacoste J.-P. (coord.) 2004. « Cahiers d’habitats » Natura 2000. Connaissance et gestion des habitats et des espèces d’intérêt communautaire. Tome 2 - Habitats côtiers. MEDD/MAAPAR/MNHN. Éd. La Documentation française, Paris, 399 p. + cédérom. (Source)

ALLEN G.P., 1972- Etude des processus sédimentaires dans l’estuaire de la Gironde. Thèse Doctorat Etat, Université Bordeaux, 338 p.

Auby I., 1991. Contribution à l’étude des herbiers de Zostera noltii dans le Bassin d’Arcachon : dynamique, production et dégradation, macrofaune associée. Thèse de Doctorat, Université de Bordeaux 1, 357 p.

BACHELET G.,1987- Processus de recrutement et rôle des stades juvéniles d’invertébrés dans le fonctionnement des systèmes benthiques de substrat meuble en milieu intertidal estuarien. Thèse Doctorat, Sci. nat., Université Bordeaux I, 478 p.

Desprez M., 1981. Etude du macrozoobenthos intertidal de l’estuaire de la Seine. Thèse de 3ème cycle, Université de Rouen, 186 p.

DESPREZ M., BRULARD J.F., DUPONT J.P., SIMON S., SYLVAND B. et DUVAL P., 1983- Etude des faciès intertidaux de l’estuaires de la Seine. Comptes Rendus à l’Académie des Sciences, Paris, 296(III) : 521-526.

DESPREZ M., DUCROTOY J.P. et SYLVAND B., 1986- Fluctuations naturelles et évolution artificielle des biocénoses macrozoobenthiques intertidales de trois estuaires des côtes françaises de la Manche. Hydrobiologia, 142 : 249-270.

DESPREZ M., RYBARCZYK H., WILSON J.G., DUCROTOY J.P., SUEUR F., OLIVESI R. et ELKAIM B., 1992- Biological impact of eutrophication in the Bay of Some and the induction and impact of anoxia. Netherland Journal of Sea. Research, 30 : 149-159.

ELIE P., 1993- L’hydrobiologie des estuaires. Actes Coll. Ag. Eau-IFREMER “ Estuaires et deltas : des milieux menacés ? ” : 76-83.

GLÉMAREC M. et HUSSENOT E., 1982- A three year ecological survey in Benoît and Wrac’h Abers following the Amoco Cadiz oil spill. Netherland Journal of Sea. Research., 16 : 483-490.

LE BRIS H. et GLÉMAREC M., 1996- Marine and brackial ecosystems of south Brittany (Lorient and Vilaine Bays) with particular reference to the effect of the turbidity maxima. Estuarine Coastal Shelf Science., 42 : 737-753.

LE BRIS H., 1988 - Fonctionnement des écosystèmes benthiques côtiers au contact d’estuaires : la rade de Lorient et la baie de Vilaine. Thèse d’Océanographie Biologique, Université Bretagne Occidentale Brest, 172p.

ROBINEAU B., 1986- Les Peuplements Benthiques de l’Estuaire de la Loire. Thèse Doctorat, Université Bretagne Occidentale Brest, 329 p.

ROBINEAU B., 1987- Caractérisation des peuplements macrozoobenthiques de l’estuaire de la Loire. Vie Milieu, 37 : 67-76.

RYBARCZYK H., 1993- Processus d’eutrophisation et ses conséquences sur les peuplements d’un écosystème estuarien, un exemple en Manche Orientale : la Baie de Somme. Thèse Doctorat, Université Pierre et Marie Curie, Paris VI, 225p.

SYLVAND B., 1995- La baie des Veys (littoral occidental de la baie de Seine, Manche), 1972-1993 : structure et évolution à long terme d’un écosystème benthique intertidal de substrat meuble sous influence estuarienne. Thèse Doctorat Etat, Sci. nat., Université de Caen, 409p.