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L’intérêt principal de la ZNIEFF est la présence d’une population d’écrevisses à pattes blanches (Austropotamobius pallipes). Cette population a pu être classée dans le top 3 des populations les plus importantes d’Île-de-France en termes de nombre d’individus. La reproduction y est avérée par l’observation d’une bonne variabilité des classes d’âge des individus ainsi que par la présence de nombreux juvéniles (représentant au minimum un quart de la population durant la période d’activité de l’espèce). Celle-ci possède donc une dynamique très positive, lui permettant de très bien se porter malgré le fait qu’elle soit complètement isolée en tête de bassin.
Deux populations d’écrevisses allochtones cernent cependant cette population d’écrevisses à pattes blanches :
- Des écrevisses américaines (Orconectes limosus) sont présentes dans l’étang des Moines, soit à l’amont du ru de Genainville (dont le ru du Bois de l’Aunaie est un affluent). Elles sont potentiellement porteuses de l’aphanomycose (pas d’analyses effectuées à ce jour).
- Des écrevisses du Pacifique (Pacifastacus leniusculus) sont présentes tout à l’aval du ru de Genainville, à sa confluence avec l’Aubette de Magny. Des analyses ont permis de montrer qu’en août 2017 les individus de cette population n’étaient pas porteurs de l’aphanomycose.
Leur présence à proximité des écrevisses à pattes blanches reste une menace pour la conservation de cette espèce protégée, individus porteurs de l’aphanomycose ou non. La menace citée est principalement due au fait que le ru de Genainville fasse l’objet d’un projet de restauration de la continuité écologique. Ce projet, s’il est concrétisé, pourrait potentiellement accélérer la colonisation du bassin du ru de Genainville par ces écrevisses allochtones.
Ce cours d’eau de tête de bassin versant possède également un intérêt certain pour les populations piscicoles locales, et notamment pour la truite fario. Cette espèce ne serait apparemment présente (à l’échelle du bassin du ru de Genainville et à l’état sauvage) que sur le ru du Bois de l’Aunaie, et ce d’après les observations réalisées en 2017.
