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Cette zone possède une exceptionnelle richesse botanique. La préservation des habitats dunaires, de la plage à la dune grise est indispensable.
Les marais (Guerche et salés), bien que de taille modeste, comprennent une diversité de milieux importante. On trouve ici un nombre élevé de plantes protégées au niveau national :Orchis coriophora*, Serapias parviflora*, Dianthus gallicus, Renoncule à feuille d'ophioglosse.
Niveau régional : Epipactis phyllanthes, Orchis palustris qui trouvent ici une de leurs rares stations de Vendée, Ceratophyllum submersum, Crepis suffreniana*, Medicago marina, Pancratium maritimum*.
On peut constater une dégradation des marais par la fermeture des prairies et l'eutrophisation des fossés et mares. Le maintien du pâturage du marais salés est important.
Sur les dunes, les boisements sont particulièrement négatifs et vont entrainer la disparition d'une surface importante de l'habitat prioritaire "dune grise", ainsi que de stations remarquables de plantes protégées (Serapias parviflora, Dianthus gallicus...).
Cette ZNIEFF regroupe les habitats dunaires de la côte nord-est, les marais "de la Guerche", "Salés" et "de la Croix"
Enfin, la progression de constructions nous a entrainé à retirer de la ZNIEFF une partie des secteurs périphériques au marais de la Croix.
