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La ZNIEFF de type I de la Baie de Kerogan a été créée initialement pour quelques plantes remarquables ou originales signalées dans ce secteur par A.-H. DIZERBO dans la Revue Penn-Ar-Bed en 1955, et pour la diversité des espèces végétales des vases salées. Parmi ces plantes, il existe toujours sur le perré du chemin de halage des quais de l'Odet, en rive droite, la rare et protégée cochléaire des estuaires (Cochlearia aestuaria) qui fait partie des 37 taxons à très forte valeur patrimoniale pour la Bretagne pour lesquelles des mesures de conservation sont étudiées. Ce secteur est en partie protégé par un Arrêté préfectoral de protection de biotopes, créé en date du 18 août 2005, qui interdit diverses actions pouvant porter atteinte à la plante, et réglemente les actions d'entretien et de réfection du chemin de halage.
D'autres plantes remarquables signalées n'ont pas été revues récemment ou ont disparu, en particulier la petite zostère (Zostera noltii) qui formait un vaste herbier sur les vases de la Baie de Kerogan.
Cette ZNIEFF de type I est donc maintenue pour le Cranson des estuaires, et parce que la Baie de Kerogan est le plus important secteur de concentration d'oiseaux d'eau hivernants de la Vallée de l'Odet. Au moins 3 espèces sont déterminantes pour cette ZNIEFF compte tenu des effectifs régulièrement comptés (sur la période 2000-2003) : la Foulque macroule, l'Avocette, et le Chevalier guignette. Une quinzaine d'autres espèces (anatidés, limicoles, grands échassiers, grèbes,...) séjournent également dans la baie en effectifs notables (voir liste autres espèces de la ZNIEFF de type II "Vallée de l'Odet" n° 0528).
Quelques plantes terrestres riveraines sont inscrites sur la Liste rouge armoricaine.
La végétation de pré-salé en bordure, sans être exceptionnelle, est relativement diversifiée. La zonation habituellement observée est la suivante (depuis le talus côtier vers la vase) : une formation, mais souvent discontinue ou absente, à chiendent ; une frange à obione faux-pourpier également très lacunaire, plutôt présente sur sol graveleux et autour des pointements rocheux, un cordon à aster maritime, très présent pratiquement sur tout le pourtour de la baie ; puis des formations plus larges à scirpe marin, ou parfois du jonc marin ; puis localement par endroit des communautés à salicornes, face à la vase nue.
En arrière du pré-salé, par places, des roselières à phragmites forment des rideaux plus ou moins larges, voire des formations plus importantes (vallons de Kergadiou, Stang Zu, polder ruiné de Lanniron). Quelques prairies humides, le talus boisé du trait de côte, des saulaies et des formations boisées (le plus souvent une hêtraie -chênaie à houx d'intérêt communautaire) complètent la revue des habitats terrestres.
Cette ZNIEFF est au contact de la ZNIEFF de type I n°05280001 "Tourbières de Kerogan et Stang Zu", elle est incluse dans la ZNIEFF de type II de la Vallée de l'Odet n°0528.
Autres espèces présentes sur le site:
ACHILLEA MILLEFOLIUM
AGROSTIS CURTISII
AGROSTIS STOLONIFERA
ANGELICA SYLVESTRIS
APIUM GRAVEOLENS
ARMERIA MARITIMA
ARTEMISIA VULGARIS
ASTER TRIPOLIUM
ATRIPLEX HASTATA
BALLOTA NIGRA
BETA VULGARIS subsp. MARITIMA
BETULA PUBESCENS
BIDENS CERNUA
CALYSTEGIA SEPIUM
CAREX EXTENSA
CAREX OTRUBAE
CASTANEA SATIVA
CHAMOMILLA SUAVEOLENS
CIRSIUM PALUSTRE
COCHLEARIA ANGLICA
COCHLEARIA DANICA
CRATAEGUS MONOGYNA
CREPIS CAPILLARIS
CYPERUS ERAGROSTIS
DACTYLIS GLOMERATA
DAUCUS CAROTA
DIGITALIS PURPUREA
ERICA CINEREA
ERIGERON KARVINSKIANUS
EUPATORIUM CANNABINUM
FAGUS SYLVATICA
FESTUCA ARUNDINACEA
FESTUCA RUBRA
GERANIUM ROBERTIANUM
GLAUX MARITIMA
GLYCERIA FLUITANS
HALIMIONE PORTULACOIDES
HEDERA HELIX
HOLCUS LANATUS
HOLCUS MOLLIS
HYDROCOTYLE VULGARIS
HYPERICUM PERFORATUM
HYPOCHAERIS RADICATA
ILEX AQUIFOLIUM
JUNCUS BUFONIUS
JUNCUS EFFUSUS
JUNCUS GERARDII
JUNCUS MARITIMUS
LINARIA REPENS
LINUM BIENNE
LOLIUM PERENNE
LOTUS ANGUSTISSIMUS
LOTUS SUBBIFLORUS subsp. SUBBIFLORUS
LOTUS ULIGINOSUS
LYCHNIS FLOS-CUCULI
LYCOPUS EUROPAEUS
LYTHRUM SALICARIA
MELILOTUS ALBA
PASTINACA SATIVA
PICRIS ECHIOIDES
PICRIS HIERACIOIDES
PHALARIS ARUNDINACEA
PHRAGMITES AUSTRALIS
PLANTAGO CORONOPUS
PLANTAGO MARITIMA
POLYGONUM AVICULARE
POLYPOGON MONSPELIENSIS
POLYPOGON VIRIDIS
POTENTILLA ANSERINA
POTENTILLA ERECTA
PRUNUS SPINOSA
PUCCINELLIA MARITIMA
QUERCUS ILEX
QUERCUS ROBUR
RANUNCULUS ACRIS
RAPHANUS RAPHANISTRUM S.L.
RUBUS FRUTICOSUS
RUSCUS ACULEATUS
RUMEX ACETOSELLA
RUMEX CONGLOMERATUS
SALIX ATROCINEREA
SARCOCORNIA FRUTICOSA
SCIRPUS LACUSTRIS subsp. TABERNAEMONTANI
SCIRPUS MARITIMUS
SCUTELLARIA GALERICULATA
SEDUM TELEPHIUM
SENECIO AQUATICUS S.L.
SENECIO JACOBAEA
SENECIO SYLVATICUS
SOLANUM DULCAMARA
SPARTINA MARITIMA
SONCHUS ARVENSIS
SONCHUS OLERACEUS
SPERGULARIA MEDIA
SPERGULARIA RUPICOLA
SUAEDA MARITIMA
TEUCRIUM SCORODONIA
TRIGLOCHIN MARITIMA
ULMUS MINOR
UMBILICUS RUPESTRIS
VIOLA RIVINIANA
BLECHNUM SPICANT
DRYOPTERIS DILATATA
DRYOPTERIS FILIX-MAS
POLYPODIUM VULGARE
PTERIDIUM AQUILINUM
Le périmètre de la ZNIEFF de la Baie de Kerogan a été augmenté sur l'amont de l'estuaire de l'Odet jusqu'au niveau du chemin de halage en rive droite pour prendre en compte la Cochléaire des estuaires dont le biotope est protégée depuis 2005. A cette hauteur, les secteurs diversifiés sous influence maritime de la rive gauche sont également inclus (Lanniron, l'île aux rats).
