Présence de nombreux habitats patrimoniaux sur le lit majeur : boisements alluviaux (aulnaies-frênaies), mégaphorbiaies, prairies inondables et cariçaies.
Sur les coteaux de cette section de Sèvre niortaise se concentrent l'essentiel des forêts atlantiques hygrosciaphiles de ravin (forêts de ravin à frêne et sycomore, chênaies de pente à Ail des ours) relevant de l'alliance du Dryopterido affinis - Fraxinion excelsioris présents sur la ZNIEFF II "Méandres de la vallée de la Sèvre niortaise".
Les falaises calcaires sont principalement recouvertes de lierre, et ne relèvent pas d'un habitat déterminant.
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