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Cette ZNIEFF concerne la moyenne vallée du Lot, des environs de Cahors jusqu’à l’aval du barrage près de Bouillac, soit un peu plus de 6 526 ha avec des limites altitudinales comprises entre 110 et 353 m sur environ 68 km. Cette vaste zone concerne le lit mineur rassemblant à la fois des milieux alluviaux (cours d’eau, boisements alluviaux, bancs d’alluvions, annexes fluviales [bras morts]), mais également des secteurs attenants de coteaux secs calcaires (zones forestières, forêts de ravins et falaises calcaires...) totalisant ainsi douze habitats déterminants.
La flore est riche et diversifiée puisque l’on dénombre pas moins de 50 taxons floristiques d’intérêt patrimonial. Plusieurs types de milieux sont présents et déterminants en tant que tels. On peut citer les forêts alluviales et les forêts rivulaires, complètement liées à la dynamique fluviale et aux crues saisonnières. D’autres milieux plus « secs » présentent en plus un cortège floristique d’espèces remarquables. Les pelouses sèches peuvent être de différents types. Les communautés à annuelles se développent sur un sol nu et écorché, dont la Sabline des chaumes (Arenaria controversa), espèce protégée au niveau national, et la Gastridie (Gastridium ventricosum) sont des représentantes. D’autres pelouses très sèches sont essentiellement composées de plantes vivaces et adaptées à des sols très squelettiques où les influences méditerranéennes sont flagrantes. On citera parmi les nombreuses espèces l’Armoise camphrée (Artemisia alba), l’Euphorbe de Duval (Euphorbia duvalii), la Fumana fausse bruyère (Fumana ericoides), le Lin des collines (Linum austriacum subsp. collinum), la Scorsonère hirsute (Scorzonera hirsute), le Silène à bouquets (Silene armeria) ou encore la Renoncule à feuilles de graminée (Ranunculus gramineus). 4 autres espèces notables appuient encore plus la notion d’affinités méridionales : la Globulaire commune (Globularia vulgaris), la Leuzée conifère (Leuzea conifera), le Narcisse à feuilles de jonc (Narcissus assoanus) ou encore et surtout l’Iris jaunâtre (Iris lutescens). En transition avec les formations forestières sèches (chênaie blanche) et méditerranéennes représentées par des peuplements monospécifiques de Chêne vert (Quercus ilex), des zones de fourrés accueillent le Pistachier térébinthe (Pistacia terebinthus), le Nerprun des rochers (Rhamnus saxatilis) ou encore la Clématite flamme (Clematis flammula) qui reste localisée dans la région. Les formations géologiques remarquables que sont les falaises calcaires abritent certes un cortège d’oiseaux rupestres, mais aussi une flore adaptée aux conditions très dures (rochers, anfractuosités). Ces espèces sont la Sabline à grandes fleurs (Arenaria grandiflora), le Centranthe rouge (Centranthus ruber), l’Alysson à gros fruits (Hormathophylla macrocarpa), le Laser de France (Laserpitium gallicum), cantonné au sud des montagnes calcaires, ou encore le Silène saxifrage (Silene saxifraga) et le Silène à bouquets (Silene armeria). Trois autres espèces ont une écologie encore plus spécifique, comme la Sabline hérissée (Arenaria hispida), localisée aux rochers calcaires des causses des Cévennes et aux environs, le Silène des grèves (Silene vulgaris subsp. glareosa), connu dans la région sur les éboulis et en limite de répartition dans le Sud-Ouest, ou encore la Saxifrage continentale (Saxifraga continentalis) qui, elle, a une préférence pour les falaises siliceuses. Dans des conditions similaires, on notera la Râpette (Asperugo procumbens), qui affectionne les décombres et les lieux pierreux, mais qui reste rare dans l’Ouest, ou la Linaire à feuilles d’origan (Chaenorrhinum origanifolium), qui atteint ici sa limite de répartition étant donné son cantonnement au Sud du pays. Ces dernières espèces trouvées ponctuellement ont une écologie encore différente, d’où leur mention particulière : la Valériane dioïque (Valeriana dioica) affectionne les zones humides tourbeuses. Elle peut être trouvée non loin de la Véronique faux mouron d’eau (Veronica anagalloides), que l’on trouvera dans les mares et fossés. La Vesce de Bithynie (Vicia bithynica) apparaît comme une espèce liée aux cultures extensives (messicole), tandis que la Bardanette en grappe (Tragus racemosus) est une plante annuelle liée à un sol acide. D’autres habitats peuvent être cités, même si aucune espèce de flore n’y est mentionnée comme déterminante : les prairies de fauche, les prairies humides, les communautés des rives exondées, les landes à buis ou à genévriers...
Parmi la faune, on dénombre plusieurs espèces déterminantes appartenant à différents groupes taxonomiques. Les mammifères comptent 5 espèces déterminantes. Parmi celles-ci, on trouve la Loutre d’Europe. En effet, des observations ainsi que la découverte régulière d’épreintes semblent démontrer que l’espèce trouve ici des conditions écologiques favorables à son maintien. Cette espèce reste cependant vulnérable à toute modification de son milieu. Enfin, plus de 20 espèces de chauves-souris trouvent ici des gîtes de reproduction (grottes ou bâtiments) et d’hibernation (essentiellement grottes) rassemblant plusieurs milliers d’individus. De fait, ce site présente un intérêt patrimonial important au niveau régional voire national. Les espèces comme le Minioptère de Schreibers ou les trois espèces de rhinolophes sont très bien représentées et d’un enjeu fort. Parmi l’avifaune, on dénombre 7 espèces déterminantes qui occupent différents milieux. Les affleurements rocheux et les falaises sont occupés par des espèces rupestres qui trouvent des conditions favorables à leur installation (zones de tranquillité et terrains de chasse proches). Il s’agit du Faucon pèlerin et du Grand-Duc d’Europe, rapaces reconnus d’intérêt patrimonial. Les falaises attenantes au cours d’eau accueillent des colonies de Martinet à ventre blanc, et des observations régulières du Pigeon colombin supposeraient des sites de nidification potentiels. Chacune de ces espèces a besoin d’anfractuosités et de cavités dans la roche pour nicher et élever ses jeunes. Les zones forestières vallonnées et matures, épargnées par une fréquentation trop importante, favorisent l’installation de deux pics : le Pic mar et le Pic noir. Ces deux espèces sont peu communes, notamment le Pic noir qui fait l’objet d’observations ponctuelles dans la région lotoise. Toutefois, l’aire de distribution de cette espèce semble en extension au niveau national. Enfin, la zone constitue un terrain de chasse privilégié pour le Circaète Jean-le-Blanc, rapace ophiophage, qui trouve ici des zones riches en reptiles et des secteurs tranquilles pour nicher et élever son unique jeune. Le cours du Lot présente des milieux aquatiques qui ont un fort intérêt piscicole pour des espèces remarquables comme l’Anguille, le Toxostome et le Brochet. Des données récentes font apparaître la présence d’une petite population de Vandoise rostrée sur la moyenne vallée du Lot. Cette espèce dont les sites de reproduction sont protégés est remarquable sur ce secteur du Lot, très aménagé par la présence quasi continue de retenues qui lui donne ainsi un profil lentique. Sa présence est ici limitée à quelques faciès courants à faible profondeur. Plusieurs groupes d’invertébrés présentent également des enjeux patrimoniaux. La rivière Lot présente un très fort enjeu pour les libellules. En effet, 3 espèces protégées en France et d’intérêt communautaire sont connues de la moyenne vallée du Lot : le Gomphe de Graslin (Gomphus graslinii), la Cordulie à corps fin (Oxygastra curtisii) et la Cordulie splendide (Macromia splendens). Ces espèces affectionnent les grands cours d’eau « chauds » du Sud de la France. La Libellule fauve (Libellula fulva), espèce relativement précoce, et la Cordulie métallique (Somatochlora metallica) sont présentes sur les annexes fluviales. Pour les papillons, le Cuivré des marais (Lycanea dispar) occupe plutôt les prairies humides ou inondables, où poussent ses plantes hôtes, les oseilles (Rumex sp.). Ce dernier est protégé en France et d’intérêt communautaire. Le Nacré de la filipendule (Brenthis hecate) vit dans les prairies mésophiles, où pousse sa plante hôte, la Filipendule commune (Filipendula vulgaris). Le Thécla de l’orme (Satyrium w-album) vole essentiellement au sommet des ormes (Ulmus sp.), ses plantes hôtes, et descend rarement au sol. Cette vie en canopée rend ce dernier très discret. Parmi les orthoptères, le petit Grillon des torrents (Pteronemobius lineolatus), comme son nom l’indique, vit sur les grèves. D’autres espèces beaucoup plus thermophiles habitent la vallée du Lot, notamment sur les cévennes, où ils trouvent des terrains rocheux ou dénudés, dont le Sténobothre bourdonneur (Stenobothrus nigromaculatus), le Criquet des friches (Omocestus petraeus) et l’Œdipode rouge (Oedipoda germanica). La Magicienne dentelée (Saga pedo), très grande sauterelle méditerranéenne en limite d’aire dans le Lot, est également présente. Il s’agit de la seule sauterelle protégée en France.
Cette ZNIEFF concerne la moyenne vallée du Lot. Elle s’étend en amont de Cahors jusqu’à l’aval du barrage près de Bouillac. Les limites sont définies en fonction de la répartition des espèces de faune et de flore, mais aussi en fonction logique de continuum écologique.
